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Ingénieur.e de recherche en bio-informatique : modélisation de protéines membranaires (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR5075-CHRMOR-001
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : mardi 17 mars 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 17 mois
Date d'embauche prévue : 1 mai 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2437,62 € à 2616,16 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Dans le cadre d'un projet ERC et au sein de l'Institut de Biologie Structurale de Grenoble (Unité Mixte de Recherche CEA, CNRS, UGA), l'ingénieur.e aura pour mission de créer et d'analyser des modèles moléculaires de protéines membranaires. L'équipe d'accueil a une longue expertise en ingénierie des protéines membranaires pour créer des biocapteurs basés sur la fusion de récepteurs couplés aux protéines G à de canaux ioniques.
Les travaux de l'ingénieur.e sont essentiels pour développer des approches rationnelles de l'ingénierie de ces biocapteurs. En complément de la création de modèles moléculaires, une approche en apprentissage-machine (Machine-Learning) ou apprentissage-complet (Deep-Learning) pourrait être développée pour exploiter les nombreux résultats expérimentaux déjà obtenus.
Les compétences en bio-informatique n'étant pas historiquement présentes au sein de l'équipe, l'ingénieur.e devra disposer de l'autonomie nécessaire pour la mise en place des équipements et outils informatiques et pour la réalisation des travaux liés à cette mission.

Activités

Principales:
- Mettre en place le matériel et les outils informatiques nécessaires à l'activité sur les fonds déjà disponibles dans l'équipe
- Créer des modèles moléculaires relatifs au différents projets de l'équipe
- Analyser ces modèles pour identifier les mécanismes moléculaires gouvernant le fonctionnement de biocapteurs déjà caractérisés fonctionnellement
- Analyser ces modèles pour diriger l'ingénierie de nouveaux biocapteurs qui seront validés expérimentalement
- Interagir activement et bilatéralement avec les membres de l'équipe pour améliorer les modèles moléculaires
- Etre force de propositions scientifiques et techniques pour développer une approche rationnelle de l'ingénierie des biocapteurs
- Expérimenter des approches en apprentissage-machine (Machine-Learning) ou apprentissage-complet (Deep-Learning) pour corréler des paramètres moléculaires et structuraux aux activité des biocapteurs
- Effectuer des recherches bibliographiques sur le sujet
- Participer à des réunions nationales et internationales

Secondaires:
- Si souhaité, possibilité de réaliser des mesures expérimentales.
- Participer au développement d'outils de traitement automatisé des données sous MS Excel

Compétences

- Maîtrise des outils de modélisation et de dynamique moléculaire.
- Connaissances sur les protéines membranaires
- Maîtrise de la conception de modèles moléculaires de protéines membranaires dans un environnement lipidique
- Connaissances dans l'utilisation de centres de calcul
- Connaissances dans les méthodes d'apprentissage-machine (Machine-Learning) ou apprentissage-complet (Deep-Learning)
- Langue anglaise : B1 minimum (cadre européen commun de référence pour les langues)
Connaissances supplémentaires appréciées:
- Connaissances en programmation de macros sous MS Excel 2016
- Connaissances du système Windows 10 et Pack Office 2016
- Connaissances dans les outils de présentations scientifiques statiques (images 3D) et dynamiques (montage de vidéos)
Aptitudes:
- Travail en équipe avec des biologistes non-experts en bio-informatique
- Rigueur, écoute, disponibilité aux collègues
- Facilité d'intégration et de communication avec les membres de l'équipe
- Synthèse et présentation didactique des résultats
- Curiosité intellectuelle avec possibilité d'élargir ses champs de compétences

Contexte de travail

L'équipe d'accueil se situe au sein de l'Institut de Biologie Structurale de Grenoble dont les nouveaux locaux ont été inaugurés en 2014. Cet Institut est une Unité Mixte de Recherche qui accueille plus de 250 personnes issues principalement du CNRS, du CEA et de l'Université Grenoble Alpes. Il bénéficie d'un environnement scientifique exceptionnel composé de 3 grands Instituts européens: the European Synchrotron Radiation Facility, the European Molecular Biology Laboratory et de l'Institut Laue Langevin, ainsi que d'un site CEA voisin. L'équipe d'accueil est composée en moyenne de 4-5 personnes provenant de divers pays (Espagne, Angleterre, Pologne…) et les communications professionnelles sont fréquemment en anglais. En plus des ressources partagées de l'Institut, l'équipe d'accueil a accès à 3 pièces expérimentales dédiées et des bureaux multiplaces équipés de PC ou stations de travail. Les Instituts du campus et l'Institut d'accueil favorise les échanges scientifiques et sociaux au travers de manifestations régulières. Le candidat développera ses compétences scientifiques dans un environnement stimulant et international dans la "capitale des Alpes françaises" à seulement 3 heures de Paris en TGV, 1 heure en bus de l'aéroport international de Lyon et 2 heures de l'aéroport international de Genève.

Contraintes et risques

Le projet se déroulant en partenariat avec des équipes de l'Université Nationale de Séoul, des déplacements de longues distances sont à envisager.

Informations complémentaires

https://cordis.europa.eu/project/id/682286

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