Missions

Nous recherchons un candidat ou une candidate motivé pour un poste d'ingénieur dans le groupe « Physique et mécanique des systèmes biologiques » au CBS Montpellier, France. Notre projet explore la physique de la motilité bactérienne et de la formation de biofilms d’un point de vue de biophysique expérimentale.

Activités

• holographie numérique en ligne et reconstruction computationnelle d'hologrammes
• microscopie en feuille de lumière, microscopie TIRF, microscopie fluorescente
• conception et construction de microscopes
• apprentissage automatique, intelligence artificielle
• analyse d'images, analyse de séries temporelles
• biophysique à molécule unique
• programmation
• rhéologie
• modélisation théorique
• activités de laboratoire humide et biologie cellulaire/moléculaire (bactéries)

Compétences

Nous cherchons un candidat ou une candidate exceptionnel qui a (ou aura bientôt) un doctorat et qui :

• possède une solide formation en physique, biophysique, optique ou une discipline connexe ;
• a de l'expérience ou une connaissance approfondie de l'holographie numérique et de la reconstruction numérique d'hologrammes ;
• a de l'expérience ou une connaissance approfondie de la microscopie en feuille de lumière ou TIRF ;
• a de l'expérience dans la conception et la construction avancées de microscopes ;
• possède une expérience ou une très bonne connaissance en apprentissage automatique ;
• a de l'expérience avec l'analyse d'images, l'analyse de séries temporelles et l'analyse quantitative de données ;
• a de l'expérience en programmation (notre laboratoire travaille principalement en Python) ;
• a soit de l'expérience dans un laboratoire humide, soit est désireux d'apprendre à travailler avec des bactéries ;
• est innovant et aime résoudre les problèmes et repousser les limites des dispositifs de microscopie optique personnalisés ;
• aime travailler dans un environnement interdisciplinaire ;
• est créatif, enthousiaste, très motivé et capable de travailler de manière indépendante et en équipe.

Des compétences avancées en communication en anglais sont un atout ; aucune connaissance du français n'est requise.

Contexte de travail

La plupart de nos connaissances sur les bactéries proviennent d'études sur des cellules nageuses indépendantes. Cependant, la plupart des bactéries sur Terre se trouvent dans des communautés agrégées non motiles, appelées biofilms, qui diffèrent grandement de leurs homologues motiles. Les biofilms résistent fortement aux antibiotiques, sont extrêmement difficiles à éradiquer et sont impliqués dans des défis mondiaux importants, des infections mortelles et la résistance aux antimicrobiens à la sécurité alimentaire et à la sécurité de l'eau.

Sous le paradigme actuel, les biofilms commencent lorsqu'une cellule motile adhère et détecte une surface, déclenchant un changement de « mode de vie ». Mais, cette étape cruciale de nucléation reste mal comprise : quel signal mécano-chimique sous-tend la détection de surface ? De plus, de nombreux biofilms naturels, y compris ceux qui causent des infections chroniques, existent en l'absence d'un substrat, suggérant que les biofilms peuvent se nucléer via plusieurs mécanismes. La nucléation peut-elle être comprise, non pas comme un interrupteur biochimique d'un individu, mais comme un comportement émergent de colloïdes actifs ?

En développant une installation unique combinant la microscopie holographique numérique et la microscopie en feuille de lumière, ce projet cherche à capturer et à résoudre les événements rares de nucléation, et la réponse physiologique résultante, dévoilant ainsi les mécanismes physiques de l'initiation des biofilms dans divers micro-environnements.

Il s'agit d'un nouveau projet et d'une nouvelle ligne de recherche dirigée par une jeune chercheuse, Ashley Nord, et financée par la Fondation Bettencourt Schueller Impulscience pour 5 ans. Ashley fait partie de l'équipe « Physique et Mécanique des Systèmes Biologiques », composée de trois chercheurs permanents du CNRS, tous issus du domaine de la physique et de la biophysique. L'équipe est très interactive et dynamique. Le candidat ou la candidate aura l'opportunité de collaborer sur d'autres projets en cours au sein de l'équipe en fonction de ses intérêts. Le Centre de Biologie Structurale (CBS) est un institut de recherche interdisciplinaire et international situé à Montpellier, France. Il comprend 13 équipes de recherche mélangeant biophysique, bio-ingénierie et biologie structurale. Leur expertise couvre un large éventail, incluant des techniques de microscopie optique de pointe, des pinces optiques et magnétiques, la microscopie à force atomique, la RMN, la cristallographie aux rayons X, la bio-informatique, la bio-ingénierie et la modélisation biomoléculaire. Il accueille de nombreux doctorants et postdocs de diverses origines et nationalités.

Contraintes et risques

Contrat initial d’1 an renouvelable. Financement sur plusieurs années.