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Assistant ingénieur en biologie moléculaire H/F


Date Limite Candidature : jeudi 23 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR5048-FLOLEP-046
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 25 novembre 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2066 et 2203 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

- Génération de banques de mutants de génomes viraux
- Développement et mise en œuvre des protocoles de cribles phénotypique sur culture de cellules et/ou insecte
- Génération de banques de séquençage profond (NGS)

Activités

- Construction de vecteur plasmidiques et clonage de larges bibliothèques d'oligonucléotides de synthèse, vérification des séquences et archivage
- Établissement de banques de virions (pseudotypées et mutées)
- Maintien, transfection et/ou infection de cultures cellulaires (cellule d'insectes), infection d'insectes
- Mise au point de protocole de criblage de banques de mutant pour divers phénotypes d'intérêt sur cellules de cultures et/ou insecte : optimisation des quantités de virus et cellules, temps d'infection, extraction du matériel nucléique.
- Préparation de banques de séquençage NGS type Illumina par PCR, contrôle qualité et envoi des échantillons
- analyses bio-informatiques des résultats de séquençage (optionnel)
- Analyse des expériences, présentation écrite et orale des résultats
- Gestion de stock et commande de consommables scientifiques

Compétences

1- Connaissances:
- Connaissances générales en microbiologie, biologie moléculaire
- Connaissances en virologie appréciées
- Connaissances principe du séquençage à haut-débit
- Maitrise des techniques de culture bactérienne et cellulaire
- Connaitre les bonnes pratiques de laboratoire (hygiène et sécurité, conditions P2)
- Maîtriser l'anglais scientifique
2- Savoir-faire:
- Transformations de cultures bactériennes et transfections de cellules
- PCR, qPCR, RT-qPCR
- Clonage (restrictions, Golden-Gate, Gibson assembly)
- Extraction, quantification et test qualité ADN/ARN
- Connaissance des principes, du fonctionnement et des règles d'entretien des appareils utilisés
- Capacité à analyser un problème technique et à proposer des solutions pour le traiter
- Capacité à analyser des résultats expérimentaux, à rédiger un rapport sur ses résultats et à présenter un compte rendu d'expériences
- Maîtrise des outils de bureautique (Excel, PowerPoint)
- Connaissances en programmation (optionnel)
3- Aptitudes:
- Rigueur scientifique
- Avoir le sens du travail en équipe et de l'organisation
- Autonomie
- Apprendre des méthodes et techniques nouvelles
- Être capable de communiquer son savoir-faire

Contexte de travail

Le Junonia Cœnia densovirus (JcDV) est un petit virus pathogène de certains lépidoptères, qui pourrait être utilisé en lutte biologique contre des ravageurs de cultures. Nous construisons une banque de 300,000 mutants de ce virus dans laquelle toutes les mutations ponctuelles du génome viral sont associée de manière contrôlée à un barcode ADN. Suite à divers cribles phénotypiques et à la préparation d'acides nucléique viraux en résultant, le séquençage à haut-débit de ces barcodes permet de quantifier l'impact de l'ensemble de ces mutations. La mise au point de divers cribles permet d'interroger différents aspects du cycle viral et d'obtenir de grande quantité de donnée de manière systématique. Le candidat ou la candidate sera rattaché à l'équipe « Génomique Synthétique, Fonctionnelle et Évolutive », dont les travaux se concentrent sur la compréhension et la prédiction des relations entre séquences et activités biologiques dans divers systèmes en utilisant des technologies à haut-débit.

Contraintes et risques

Le candidat ou la candidate possèdera une Licence 3 dans les domaines de la génétique, biologie moléculaire, biotechnologies, virologie

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