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Portail > Offres > Offre UMR9004-RAPGAU-020 - Ingénieur de recherche en développement logiciel et bioinformatique (H/F/X)

Ingénieur de recherche en développement logiciel et bioinformatique (H/F/X)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 31 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche en développement logiciel et bioinformatique (H/F/X)
Référence : UMR9004-RAPGAU-020
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mercredi 10 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2875€ brut mensuel, ajustable selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) de recherche talentueux et motivé pour travailler sur un projet collaboratif entre l'équipe de biologistes du Dr Raphael Gaudin (IRIM, Montpellier) et du Dr Thomas Burger (ProFI, Grenoble), expert en bioinformatique, statistiques et données protéomiques. La personne retenue sera basée à Montpellier, avec des interactions fréquentes avec l'équipe ProFI de Grenoble. Le/la candidat(e) devra être capable de développer des outils de visualisation de données (essentiellement des scripts dans un langage de programmation scientifique et des interfaces graphiques associées pour permettre leur utilisation par les biologistes). Le projet de recherche vise à analyser des cellules uniques en protéomique et son couplage avec des informations spatiales issues de la microscopie. Concrètement, l'ingénieur(e) recruté(e) développera de nouveaux outils permettant de projeter des caractéristiques protéomiques sur une coupe de tissu à l'échelle cellulaire.

Activités

Les principales activités de l'ingénieur(e) de recherche recruté(e) seront : le développement de scripts permettant de positionner les informations protéomiques sur les images de microscopie et la mise en place d’outils interactifs (interfaces graphiques) de visualisation et de navigation dans les images de microscopie enrichies par les informations protéomiques, afin d’aider les biologistes à investiguer ces données. L'ingénieur(e) collaborera aussi étroitement avec un biologiste postdoctorant qui préparera des échantillons biologiques à analyser. L'ingénieur(e) de recherche recruté(e) sera formé(e) au montage d'échantillons et à l'acquisition en microscopie.

Compétences

Master 2 ou diplôme d'ingénieur(e) en bioinformatique ou biophysique, avec de bonnes compétences en programmation scientifique (R/Shiny ou Python) et en traitement de données biologiques. Aucune expérience approfondie en microscopie n'est attendue. Fort intérêt pour le travail collaboratif dans un environnement dynamique et interdisciplinaire.

Contexte de travail

Le projet proposé se déroulera dans la ville côtière de Montpellier, dans le sud de la France avec des interactions fréquentes avec le laboratoire de bioinformatique de Grenoble. Le candidat bénéficiera d’un lieu de travail très dynamique et d’un environnement scientifique et social international stimulant. Notre équipe internationale est composée de 15 membres, réunissant des compétences interdisciplinaires et développant un large éventail de connaissances en biologie cellulaire, virologie et neurobiologie. Toutes les interactions dans l’équipe se font en anglais et comprennent des réunions de laboratoire hebdomadaires, des séminaires internes et externes, des retraites d’institut et de laboratoire. L'équipe bénéficie d'une atmosphère conviviale et solidaire, dans le but d'atteindre nos objectifs de résultats et publications, de manières efficaces et rigoureuses. Promouvoir les carrières des individus grâce au mentorat est également une préoccupation collective de l’équipe.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Travail sur écrans