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Ingénieur-e (H/F) en analyse d'images (2 ans, renouvelable)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR3664-ANTCOU-002
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 5 juillet 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 16 septembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2140€-2664€ brut mensuel, selon qualifications et expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Notre équipe “Dynamique Spatio-temporelle des fonctions génomiques” étudie l'organisation 3D des chromosomes dans le noyau cellulaire et son rôle dans la régulation de l'expression des gènes.

Nous utilisons un ensemble de techniques d'imagerie de molécules uniques, sur échantillons vivants et fixés, permettant de marquer ADN, ARN et protéines dans le noyau. Notre groupe interdisciplinaire développe également des outils computationnels pour l'analyse de données et des modèles physiques du génome et du noyau.
Pour plus d'info : www.coulonlab.org

Vous serez le spécialiste en analyse d'image de l'équipe et aurez l'opportunité de travailler sur plusieurs projets.

Activités

Vos responsabilités seront :
• de travailler avec les membres de l'équipe pour analyser leurs données et les aider à les analyser eux-mêmes.
• d'implémenter des pipelines pour l'analyse automatisée d'images
• de développer de nouveaux outils et d'améliorer les techniques existantes dans les domaines suivants :
   - Reconstruction 3D haute précision et quantification à partir d'images de microscopie séquentielle (Oligopaints, MERFISH) [1-3]
   - Démultiplexage spectral et cinétique, inspiré des refs [4-6]
   - Suivi multi-cibles de particules dans des jeux de données 3D, haute densité et multi-canaux
   - Approches corrélatives spatio-temporelles pour l'analyse quantitative de données de super-résolution et de suivi de particules uniques [6-8]
   - Pilotage automatisé de microscope
• de superviser le développement logiciel (gestion de versions, distribution de code) et les pratiques de gestion des données (annotation, traitement, stockage) dans l'équipe.

Bibliographie :
[1] Bintu et al. (2018) Science, 362(6413) http://doi.org/10.1126/science.aau1783
[2] Mateo et al. (2019) Nature, 1–24. http://doi.org/10.1038/s41586-019-1035-4
[3] Jungmann et al. (2014) Nat Meth, 11(3), 313–318. http://doi.org/10.1038/nmeth.2835
[4] Ma et al. (2016) Nat Biotech, 34(5), 528–530. http://doi.org/10.1038/nbt.3526
[5] Eng et al. (2017) Nat Meth, 14(12), 1153–1155. http://doi.org/10.1038/nmeth.4500
[6] Jungmann et al. (2016) Nat Meth, 13(5), 439–442. http://doi.org/10.1038/nmeth.3804
[7] Sengupta et al. (2011) Nat Meth, 8(11), 969–975. http://doi.org/10.1038/nmeth.1704
[8] Schnitzbauer et al. (2018) PNAS, 115(13), 3219–3224. http://doi.org/10.1073/pnas.1711314115

Compétences

[ *** : requis     ** : recommandé     * : apprécié ]

*** Master, diplôme d'ingénieur ou doctorat en Informatique, Physique ou Mathématiques

*** Python, SciPy, Matplotlib, scikit-image, Fiji/ImageJ
* Visualisation de données (PyViz, HoloViews, Bokeh)

*** Détection et suivi 3D de particules en haute densité. Segmentation volumétrique.
** Reconstruction d'images de super-résolution : PALM/STORM/PAINT, SOFI, SRRF
* Théorie du signal domaine fréquentiel, mathématiques des processus stochastiques, analyse d'image 'model-based', techniques de flux optique

*** Développement logiciel, gestion de versions (Git, GitLab)
* Calcul parallélisé et sur cluster (CentOS)
* Administration système de base (macOS, Windows, Linux)

** Micro-Manager: utilisation et programmation (BeanShell…)
* Développement optique, programmation de micro-contrôleur (Arduino)

*** Maîtrise de l'anglais (écris et oral) qui est la langue de travail de l'équipe
** Organisation, autonomie, capacité à communiquer et à présenter des résultats

Contexte de travail

Notre équipe est co-affiliée à une unité de recherche en biologie (Dynamique du Noyau, UMR3664) et une unité de recherche en physique (Physico-Chimie Curie, UMR168) à l'Institut Curie. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les expérimentateurs de l'équipe.

Informations complémentaires

Veuillez candidater sur le 'Portail Emploi' du CNRS avec une lettre de motivation, votre CV et les coordonnées de 2 ou 3 références.
Vous pouvez contacter Antoine Coulon (recruitment@coulonlab.org) avant de candidater si vous souhaitez davantage d'information sur le poste.

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