Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d’agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de savoir dans quelle mesure les agents pathogènes s'engagent dans la compétition, le commensalisme et la coopération, à la fois avec d'autres pathogènes et le reste du microbiote. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut-débit d’interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés d’agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le poste d’ingénieur/ingénieure d’études s’inscrit dans la quatrième étape du projet PATHOCOM, qui vise à (i) prédire des communautés synthétiques stables et performantes de souches pathogènes à partir du pangénome de plus de 250 souches des bactéries pathogènes Pseudomonas viridiflava et Xanthomonas campestris, et (ii) modéliser l’impact de l’environnement abiotique et de la génétique de l’hôte sur ces communautés synthétiques bactériennes. Ce poste d’ingénieur/ingénieure d’études 30 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et s’inscrit dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New-York Université, États-Unis).

Activités

L’ingénieur/ingénieure d’études devra effectuer une veille bibliographique sur les derniers développements concernant la construction de communautés synthétique bactériennes, notamment à partir de pangénomes bactériens et par des approches de machine learning. Il/elle devra prédire des communautés synthétiques stables et performantes de souches pathogènes qui seront expérimentalement testées par d’autres membres de l’équipe. Il/elle devra aussi prédire la robustesse des communautés synthétiques bactériennes vis-à-vis de stress abiotiques ou de la génétique de l’hôte. Là encore, ces prédictions pourront être validées expérimentalement par d’autres membres de l’équipe. La personne recrutée devra potentiellement interagir avec d’autres collègues des groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New-York Université, États-Unis).

Compétences

Les candidats/candidates doivent avoir de très fortes compétences en biostatistiques, bio-informatique, et manipulation de très gros jeux de données génomiques. Les candidats/candidates doivent pouvoir maîtriser plusieurs langages de programmation (e.g. Python, R…). Des connaissances sur les interactions plante-microorganismes sont un réel plus. Un très bon niveau en anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique avec de nombreuses équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d’un cadre d’interaction avec d’autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services (e.g. bioinformatique) et plateformes (e.g. Genotoul).
Pour plus d'informations dur l’équipe d’accueil ECOGEN : https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

L’ingénieur/ingénieure d’études sera localisé(e) au LIPME. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.