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Portail > Offres > Offre UMR2594-FABROU-001 - Post-doc en génomique écologique (H/F)

Post-doc en génomique écologique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 9 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR2594-FABROU-001
Lieu de travail : CASTANET TOLOSAN
Date de publication : lundi 19 juillet 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2530 et 3509 bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d'agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de savoir dans quelle mesure les agents pathogènes s'engagent dans la compétition, le commensalisme et la coopération, à la fois avec d'autres pathogènes et le reste du microbiote. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d'interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés stables d'agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le projet postdoctoral s'inscrit dans les premières étapes du projet PATHOCOM et vise à caractériser (i) la diversité intra- et interspécifique ainsi que l'abondance du pathobiote et du microbiote commensal dans de multiples populations d'A. thaliana dans le sud-ouest de la France, ainsi que (ii) les variables environnementales et les séquences génomiques de l'hôte. Ce projet postdoctoral de 36 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tubingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New -Université York, États-Unis).

Activités

Le/la post-doc sera en charge de la caractérisation du microbiote/pathobiote et de l'environnement abiotique (climat, propriétés agronomiques du sol…) et biotique (communautés végétales…) de plus de 20 populations naturelles d'A. thaliana dans le sud-ouest de la France à l'automne et au printemps, et ceci sur 3 années. Le/la post-doc devra interagir avec deux autres post-docs situé(e)s à Tubingen et New-York, qui effectueront la même caractérisation d'une vingtaine de populations naturelles d'A. thaliana en Allemagne et aux Etats-Unis. Par ailleurs, le/la post-doc sera assisté(e) dans ses activités par un/une assistant(e) ingénieur.

Compétences

Les candidats/candidates doivent avoir de solides compétences en génomique écologique, impliquant des expériences de travail sur le terrain et en laboratoire (notamment en microbiologie), ainsi que des compétences en manipulation de gros jeux de données et analyses statistiques. Les candidats/candidates doivent avoir obtenu un doctorat en lien avec la génomique écologique. Un très bon niveau d'anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d'un cadre d'interaction avec d'autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l'équipe d'accueil ECOGEN: https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

Le/la postdoctorant(e) sera localisé(e) au LIPME, mais sera amené(e) à réaliser chaque année des séjours courts (2-3 semaines) dans les laboratoires de Detlef Weigel et Joy Bergelson. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.

Informations complémentaires

Merci de soumettre directement votre CV, votre lettre de motivation et 2 lettres de recommandation directement sur ce website. Tout document envoyé directement à l'adresse fabrice.roux@inrae.fr ne sera pas considéré.

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