Ingénieur de recherche en Bioinformatique phylogénomique- PEPR DYNABIOD - Saint Martin D'HERES (H/F)

Description du Poste

Les Missions

Nous recrutons un ingénieur de recherche (H/F) en bioinformatique pour la phylogénomique. L’ingénieur devra concevoir et développer un pipeline d’analyse des données de génomique environnementale (ADNe) afin d’établir des phylogénies robustes de référence.

L'Activité

La mission principale consiste à concevoir, développer, optimiser et déployer un pipeline de phylogénomique pour une utilisation standardisée au sein du consortium scientifique du PEPR Dynabiod :
• Développer le pipeline en se basant sur des outils standards (Nextflow) pour traiter des données brutes issues du séquençage (shotgun et capture de gènes, barcodes) d’échantillons variés (arthropodes et plantes, frais ou de collection, stockés en alcool ou à sec), notamment des spécimens de musées.
• Améliorer la robustesse et l’automatisation des étapes critiques, en particulier la détection d’homologie entre contigs et loci de référence.
• Valider et comparer les performances du pipeline avec des outils existants.
• Détecter des biais susceptibles d’affecter l’inférence phylogénétique.
• Faciliter la distribution et l’adoption du pipeline auprès des équipes du PEPR Dynabiod et des partenaires académiques.
• Réaliser un état de l’art du domaine : identifier les workflows existants (ex. WorkflowHub, nf-core) et les bonnes pratiques en phylogénomique, comparer les performances des pipelines pour élaborer la stratégie d’analyse.
• Développement et optimisation : définir les méthodes et leurs paramètres pour maximiser la récupération des régions phylogénétiquement informatives, favoriser la ré-utilisation de composants reconnus par la communauté (nf-core), intégrer des contrôles qualité et des métriques de performance (ex. taux de récupération, couverture).
• Accompagner les utilisateurs : les former à l’utilisation du pipeline (tutoriels) et assurer un support technique.
• Valider les résultats : collaborer avec les membres du projet pour vérifier la cohérence phylogénétique des résultats, participer à la rédaction de publications scientifiques et de rapports techniques.

Votre Profil

Compétences

• Formation et expérience : Master 2 (ou équivalent) en Bioinformatique, Biologie évolutive, ou Génomique. Expérience confirmée en développement de pipelines bioinformatiques (stage ou CDD).
• Savoirs :
Connaître des méthodes et outils d’assemblage et d’inférence phylogénétique.
• Savoir-faire:
Maîtriser l’environnement Linux : ligne de commande et scripts.
Maîtriser un moteur de workflows (ex: Nextflow).
Maîtriser les bonnes pratiques de développement : forges logicielles, principes FAIR.
Pratiquer un langage de programmation (ex: python).
Utiliser un cluster de calcul.
Expérience souhaitée avec les conteneurs (ex: Apptainer).
Maîtrise de l’anglais technique (lecture et rédaction de publications/documentation)
• Savoir-être :
Aptitude à travailler dans une équipe pluridisciplinaire (écologues, bioinformaticiens, ...).
Capacité à organiser son travail et à résoudre des problèmes techniques de manière indépendante.

Votre Environnement de Travail

Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios). Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.
L’ingénieur sera recruté par l’Institut Français de Bioinformatique, infrastructure nationale en biologie-santé (IFB : https://www.ifb-elixir.fr/) et travaillera au Laboratoire d’ECologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble avec les équipes impliquées dans le PEPR Dynabiod au LECA mais aussi au CBGP (Montpellier), CRBE (Toulouse) et MNHM (Paris).
Temps de travail : 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
Pratique et indemnisation du télétravail: possible selon règles en vigueur.
Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou événements.

Contraintes et risques

Risques liés au travail sur écran.

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 3 237,95€ bruts par mois

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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