Ingénieur de recherche en Bioinformatique phylogénomique- PEPR DYNABIOD - Saint Martin D'HERES (H/F)

Job Description

Missions

Nous recrutons un ingénieur de recherche (H/F) en bioinformatique pour la phylogénomique. L’ingénieur devra concevoir et développer un pipeline d’analyse des données de génomique environnementale (ADNe) afin d’établir des phylogénies robustes de référence.

Activity

La mission principale consiste à concevoir, développer, optimiser et déployer un pipeline de phylogénomique pour une utilisation standardisée au sein du consortium scientifique du PEPR Dynabiod :
• Développer le pipeline en se basant sur des outils standards (Nextflow) pour traiter des données brutes issues du séquençage (shotgun et capture de gènes, barcodes) d’échantillons variés (arthropodes et plantes, frais ou de collection, stockés en alcool ou à sec), notamment des spécimens de musées.
• Améliorer la robustesse et l’automatisation des étapes critiques, en particulier la détection d’homologie entre contigs et loci de référence.
• Valider et comparer les performances du pipeline avec des outils existants.
• Détecter des biais susceptibles d’affecter l’inférence phylogénétique.
• Faciliter la distribution et l’adoption du pipeline auprès des équipes du PEPR Dynabiod et des partenaires académiques.
• Réaliser un état de l’art du domaine : identifier les workflows existants (ex. WorkflowHub, nf-core) et les bonnes pratiques en phylogénomique, comparer les performances des pipelines pour élaborer la stratégie d’analyse.
• Développement et optimisation : définir les méthodes et leurs paramètres pour maximiser la récupération des régions phylogénétiquement informatives, favoriser la ré-utilisation de composants reconnus par la communauté (nf-core), intégrer des contrôles qualité et des métriques de performance (ex. taux de récupération, couverture).
• Accompagner les utilisateurs : les former à l’utilisation du pipeline (tutoriels) et assurer un support technique.
• Valider les résultats : collaborer avec les membres du projet pour vérifier la cohérence phylogénétique des résultats, participer à la rédaction de publications scientifiques et de rapports techniques.

Your Profil

Skills

• Formation et expérience : Master 2 (ou équivalent) en Bioinformatique, Biologie évolutive, ou Génomique. Expérience confirmée en développement de pipelines bioinformatiques (stage ou CDD).
• Savoirs :
Connaître des méthodes et outils d’assemblage et d’inférence phylogénétique.
• Savoir-faire:
Maîtriser l’environnement Linux : ligne de commande et scripts.
Maîtriser un moteur de workflows (ex: Nextflow).
Maîtriser les bonnes pratiques de développement : forges logicielles, principes FAIR.
Pratiquer un langage de programmation (ex: python).
Utiliser un cluster de calcul.
Expérience souhaitée avec les conteneurs (ex: Apptainer).
Maîtrise de l’anglais technique (lecture et rédaction de publications/documentation)
• Savoir-être :
Aptitude à travailler dans une équipe pluridisciplinaire (écologues, bioinformaticiens, ...).
Capacité à organiser son travail et à résoudre des problèmes techniques de manière indépendante.

Your Work Environment

Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios). Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.
L’ingénieur sera recruté par l’Institut Français de Bioinformatique, infrastructure nationale en biologie-santé (IFB : https://www.ifb-elixir.fr/) et travaillera au Laboratoire d’ECologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble avec les équipes impliquées dans le PEPR Dynabiod au LECA mais aussi au CBGP (Montpellier), CRBE (Toulouse) et MNHM (Paris).
Temps de travail : 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
Pratique et indemnisation du télétravail: possible selon règles en vigueur.
Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou événements.

Constraints and risks

Risques liés au travail sur écran.

Compensation and benefits

Compensation

à partir de 3 237,95€ bruts par mois

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

CNRS

The research professions