Missions

Dans le cadre du projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique pour l’antibiorésistance (cf. section contexte), l’IFB recrute un développeur Web fullstack (H/F). La personne recrutée aura pour principale mission de contribuer à la mise en place du portail d’analyse et d’interrogation de la base de données ABRomics à destination des cliniciens et utilisateurs de la plateforme; il/elle travaillera avec les autres membres de l’équipe de développement.

Activités

• Faciliter la coordination entre le wp1 et le wp2 pour assurer une communication fluide et une collaboration efficace.
• Mettre en place des réunions régulières avec les partenaires pour suivre l'avancement et lever les obstacles.
• Assurer le suivi du développement de l'analyse et du stockage des données.
• Assurer la maintenance d’une documentation détaillée des processus de développement, des spécifications des outils, et des workflows d’analyse pour la traçabilité du projet.
• Conformité, Gestion des Données et Sécurité
• Assurer la conformité des pratiques du projet avec les réglementations de protection des données, notamment pour les données de santé (RGPD).
• Superviser la mise en place de standards élevés de sécurité pour le stockage et le partage des données, en collaboration avec les équipes techniques.
• Collaborer avec les responsables de la gestion des données pour optimiser le traitement, l’anonymisation et la sécurisation des données collectées.
• Suivi des Relations avec les Utilisateurs et les Partenaires
• Travailler en étroite collaboration avec les utilisateurs finaux (épidémiologistes, chercheurs en microbiologie) pour recueillir leurs besoins et ajuster les fonctionnalités de la plateforme.
• Établir un canal de communication pour répondre aux retours des utilisateurs et identifier les fonctionnalités critiques à implémenter ou ajuster.
• Assurer le lien avec les équipes du consortium pour la validation scientifique des données et des workflows proposés.
• Stratégie et Planification à Long Terme
• Contribuer à définir une vision à long terme pour l'infrastructure ABRomics, en tenant compte de son intégration potentielle dans d'autres projets de l’IFB et d'ELIXIR.
• Participer à la rédaction de propositions pour le financement à long terme, le développement de nouvelles fonctionnalités ou l’expansion de la plateforme.• Gestion des Risques et Résolution de Problèmes
• Mettre en place une analyse de risques couvrant les aspects techniques et organisationnels, et anticiper d’éventuels problèmes pouvant ralentir le projet.
• Superviser la gestion des incidents techniques ou des déviations dans le calendrier de développement, avec une approche proactive pour trouver des solutions rapides.

Compétences

■ Savoirs / connaissances
Conception de modèles de base de données et d'architectures Modèle-Vue-Contrôleur
Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns).
Bonne connaissance de l'outil de versioning Git et des outils associés: Github, Gitlab
Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure
(django/python)
Bonne connaissance des bases de données SQL
Connaissance des méthodes de planification, de gestion des ressources, et des outils de suivi
■ Savoir-faire
Python 3
Django (django REST framework)
Systèmes de contrôle de version : git
Cycles de développement et de gestion logicielle
Savoir organiser des réunions efficaces, rédiger des rapports clairs, et adapter sa communication à des publics techniques et non techniques.
Savoir motiver, gérer les conflits et assurer la coopération au sein d’équipes pluridisciplinaires (développeurs, chercheurs, experts en bioinformatique).
■ Savoirs-être
Encadrement et Travail en équipe
Communication, écoute et dialogue avec des collaborateurs d'autres disciplines, afin d'exposer les options
technologiques et de discuter de leurs conséquences.
Autonomie, Rigueur
Être force de proposition

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé regroupant 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR 3601). L’IFB a pour mission de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …), de répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins, et d’anticiper les futurs développements du domaine.
L'IFB est impliqué dans des projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotique. ABRomics repose sur un réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens.
ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données dont le développement est assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données. Dans ce contexte, l'IFB recrute un développeur Web afin de contribuer à la mise en place du portail d'analyse et d'interrogation de la base de données ABRomics. L'interface utilisateur simple et ergonomique permettra le lancement de workflows d'analyse développés par le consortium et s'appuiera sur l'instance usegalaxy.fr pour le chaînage des outils et la soumission des jobs sur le cluster de l'IFB. La personne recrutée rejoindra une équipe distribuée de cinq personnes dédiées au développement de la version 1.2.0 de la plateforme ABRomics (cf. section “informations complémentaires”).
La personne recrutée travaillera au sein du hub de bioinformatique et biostatistique de l’Institut Pasteur.
Restaurant administratif sur place.
Possibilité de faire du télétravail (jusqu’à 3 jours par semaine).Temps de travail: 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.