Missions

Analyser les besoins, concevoir et conduire la mise en œuvre de nouvelles fonctionnalités dans l'application de courtage de données (MadBot), qui vise à collecter, gérer, analyser et diffuser des données et des métadonnées vers les entrepôts internationaux type ENA ; Interagir avec les projets nationaux en cours qui incluent des besoins en data brokering au sein des plateformes & équipes de l'infrastructure IFB.

Activités

- Collecter les informations concernant les standards internationaux en matière de métadonnées pour les données de bioinformatique ;
- Interagir avec les infrastructures nationales de biologie-santé pour définir les métadonnées appropriées aux différents types de données de leur domaine ;
- Interagir avec les dépôts nationaux et internationaux pour définir les standards d'annotation et les procédures de soumission des données et métadonnées ;
- Concevoir, mettre en œuvre et maintenir sur l'infrastructure IFB des procédures de préparation des données et des métadonnées d'un projet de recherche pour préparer et faciliter leur publication dans les dépôts nationaux et internationaux en garantissant leur sécurité et l'adoption de bonnes pratiques de gestion (adoption des principes “FAIR”) ;
- Assurer la documentation et l'accompagnement des utilisateurs de l'infrastructure IFB pour l'adoption de ces nouvelles procédures à travers la conception et la réalisation de tutoriaux et formations.
- Planifier et animer des formations pour accompagner les utilisateurs ;
- Organiser des temps d’échanges et de développement avec la communauté d’utilisateurs et de développeurs (hackathon) ;
- Organiser et conduire des réunions autour du projet ;
- Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales ;   
- Encadrer des étudiants de Master lors de stage en répartissant et en contrôlant les tâches, mais aussi en apportant un soutien technique tout au long des différentes étapes du stage
- Animer la thématique de l’intelligence artificielle au sein du reseau MERIT
- Mise en place d’une formation sur les thématiques FAIR

Compétences

Double compétence en biologie et informatique souhaitée
Méthodes, concepts et outils de la Science Ouverte, principes FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable)
Méthodologie de développement logiciel
Bonnes pratiques de développement : gestion collaborative de code, tests unitaires, vérification de la qualité, intégration continue, partage d'environnements contrôlés (packaging multi-plateformes, virtualisation)
Langages de programmation les plus utilisés en bioinformatique (Python, R, bash)
Frameworks pour le développement d'applications web
Django, en base de données PostgreSQL et en standards pour le développement d'applications web (HTML, CSS et JS).
Protocoles de communication et d'échanges de données, y compris API
Analyse et visualisation de données.
Langue anglaise : B2 (cadre européen commun de référence pour les langues) anglais technique du domaine
Assurer une veille technologiqueAnticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
Appliquer les techniques du domaine
Accompagner les changements
Jouer un rôle d'aide à la décision
Mettre en œuvre des processus de références de bonnes pratiques et interopérabilité
Sens relationnel et travail en équipe : savoir interagir et communiquer avec les autres, pour s’adapter aux situations professionnelles, éviter les conflits et gagner la confiance de ses collègues.
Être à l’écoute et faire preuve d’intelligence émotionnelle et relationnelle
Réactivité
Rigueur et organisation
Pédagogie et capacité de communication dans un environnement pluridisciplinaire

Contexte de travail

Développement d’outils numériques pour la gestion des données et des métadonnées dans le cadre des missions « Outils Logiciels » de l’Institut Français de Bioinformatique.

Télétravail possible jusqu'à trois jours par semaine
Dans le cadre de réunions scientifiques, d’animation de groupes de travail ou de formations, des déplacements en France ou à l’étranger peuvent être nécessaires.

Informations complémentaires

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le poste est au sein de l’équipe de développeurs IFB-core hébergée dans l’unité UMR 7216 dans le 13ème arrondissement de Paris.