Missions

Dans le cadre du projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+), l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien à Paris (plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie.
Vos missions principales seront :
- Accompagner l’intégration logicielle des applications scientifiques en Biologie des partenaires du projet, notamment sur les phases de benchmarking et d'intégration sur les ressources de calcul HPC/AI du projet (supercalculateur JeanZay, GENCI & CNRS).
- Contribuer à l'animation du groupe de travail, à travers l'organisation des réunions et la rédaction des rapports et des documentations techniques et fonctionnelles.

Activités

Accompagner les chercheurs.ses et développeurs.ses des applications bioinformatiques du projet pour leur description logicielle et l'évaluation de leurs besoins.
Contribuer à l'intégration et au déploiement des logiciels et pipelines bioinformatiques du projet sur les ressources de calcul HPC/AI.
Contribuer à l’intégration et à la gestion (DMP) des données du projet.
Évaluer les performances des solutions logicielles des applications scientifiques.
Contribuer au maintien des solutions logicielles en condition opérationnelle.
Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
Effectuer une veille technologique.
Contribuer à l’assistance aux partenaires du projet.
Former les utilisateurs à l'utilisation des solutions logicielles déployées.
Contribuer à l'organisation des réunions du projet.

Compétences

Formation
Diplômé(e) (Bac+5) en bioinformatique ou informatique.

Maîtrise générale des outils logiciels standards en Bioinformatique.
Maîtrise des formats de données en Bioinformatique.
Maîtrise des environnements Linux et des langages (shell, python, R).
Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source déploiement continu (git, GitLab, GitLab CI/CD)
Connaissance des gestionnaires de workflow courants en bioinformatiques (nextflow, snakemake).
Connaissance des environnements de calcul liés au calcul haute-performance (HPC) et en intelligence artificielle (AI).
Connaissance des techniques de conteneurisation (apptainer/singularity, docker, podman)
Compréhension de l'anglais oral et écrit : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
Sens de l'organisation.
Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement).

Dans ce contexte, l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien en déploiement d'applications sur des ressources haute performance et en intelligence artificielle pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie (une expérience en HPC et/ou en IA sera appréciable). Vous participerez activement au groupe de travail WP4-MUDIS4LS sur le thème de la Biologie Numérique Intensive, dont les objectifs sont : (i) faciliter l’accès et l’usage des ressources HPC/AI disponibles dans les centres de calcul partenaires, (ii) mettre en œuvre les environnements de recherches et les ressources bioinformatiques utiles, et (iii) prototyper et évaluer les performances dans des environnements de calcul HPC/AI. Votre contribution sera essentielle dans l’accompagnement des développement des applications scientifiques en Biologie des partenaires du projet, notamment sur les phases de benchmarking et d'intégration sur les ressources de calcul HPC/AI du projet (supercalculateur JeanZay, GENCI & CNRS). Vous contribuerez également à l'animation du groupe de travail, à travers l'organisation des réunions et la rédaction des rapports et des documentations techniques et fonctionnelles. Dans le cadre de vos activités au sein du WP4, vous serez amené.e à monter en compétence sur les aspects HPC et AI, par votre collaboration avec les experts partenaires du projet et par votre participation à des formations du domaine.

Contraintes et risques

La plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie est composée de 20 bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et apportent un support aux plateformes biotechnologiques de CurieCoreTech, ainsi qu’aux unités de recherche et à hôpital dans leurs activités quotidiennes. Les compétences portent sur la gestion et l’analyse de données, le développement logiciels et le calcul scientifique.
La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.