Ingénieur d'études en Bioinformatique - Analyse de données de séquençage (H/F)

Description du Poste

Les Missions

La personne recrutée participera aux conseils sur les designs expérimentaux, assurera le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur le plateau en suivant les pipelines existants. Elle sera également amenée à participer aux développements de nouveaux pipelines ou d’outils d’analyse des données. Elle participera à la démarche qualité NFX50-900 (ISO9001).

L'Activité

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques des données de séquençage haut-débit à l’aide des pipelines existants, en les adaptant si nécessaire, ou par la mise en place de nouveaux pipelines ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes et déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication;
- Gérer des projets clients, interagir et conseiller ces derniers.
- Assurer la veille technologique dans le domaine.
- Veiller à la mise en œuvre des procédures d’assurance qualité
- Assurer la formation, le support et la maintenance auprès des utilisateurs

Votre Profil

Compétences

Savoir-faire :
- Langages : R, Python, bash, LaTeX
- Analyse de données de séquençage (notamment RNA-seq et single-cell RNA-seq)
- La connaissance d’un gestionnaire de workflow serait un plus (Snakemake, Nextflow)
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire et du séquençage haut-débit (NGS)
- Aisance sous Unix, Linux
- Anglais scientifique (B2)
- Très bonne communication écrite et orale, en français et en anglais
- Goût pour le travail en équipe
- Esprit d’analyse

Savoir-être :
- rigueur, sens de l’organisation, autonomie.

Votre Environnement de Travail

La plateforme MGX sert la communauté biomédicale montpelliéraine en proposant de nombreuses applications basées sur le séquençage haut débit : transcriptomique (RNA-seq, smallRNA-seq), y compris sur cellules uniques (scRNAseq), génotypage (RADseq, GBS), architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP-seq, RRBS, WGBS), y compris sur cellules uniques (scATAC-seq) …
La qualité des travaux réalisés et de l’organisation de la plateforme est attestée par sa participation à l’infrastructure nationale France Génomique en tant que membre du noyau central, par sa labélisation par le GIS IBiSA, par ses certifications ISO9001 et NFX50-900, et par les enquêtes satisfactions menées chaque année.
L’Institut de Génomique Fonctionnelle est une unité mixte INSERM-CNRS-Université de Montpellier composée d’environ 300 personnes qui travaillent en neurosciences, physiologie cardiaque et endocrine et en oncologie.
L'ingénieur(e) travaillera en interaction avec les bioinformaticiens et biologistes de la plateforme ainsi qu’avec les chercheurs et ingénieurs des équipes de recherche.
Au sein de la partie bioinformatique de l’équipe, la personne recrutée travaillera sous la responsabilité d’un ingénieur de recherche, ainsi qu’avec un ingénieur d’étude.

Contraintes et risques

Pas d’astreinte. 38H30 par semaine.
Risques liés au travail sur écran.

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 2521€ brut mensuel ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche