Ingénieur d'études en Bioinformatique - Analyse de données de séquençage (H/F)

Job Description

Missions

La personne recrutée participera aux conseils sur les designs expérimentaux, assurera le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur le plateau en suivant les pipelines existants. Elle sera également amenée à participer aux développements de nouveaux pipelines ou d’outils d’analyse des données. Elle participera à la démarche qualité NFX50-900 (ISO9001).

Activity

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques des données de séquençage haut-débit à l’aide des pipelines existants, en les adaptant si nécessaire, ou par la mise en place de nouveaux pipelines ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes et déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication;
- Gérer des projets clients, interagir et conseiller ces derniers.
- Assurer la veille technologique dans le domaine.
- Veiller à la mise en œuvre des procédures d’assurance qualité
- Assurer la formation, le support et la maintenance auprès des utilisateurs

Your Profil

Skills

Savoir-faire :
- Langages : R, Python, bash, LaTeX
- Analyse de données de séquençage (notamment RNA-seq et single-cell RNA-seq)
- La connaissance d’un gestionnaire de workflow serait un plus (Snakemake, Nextflow)
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire et du séquençage haut-débit (NGS)
- Aisance sous Unix, Linux
- Anglais scientifique (B2)
- Très bonne communication écrite et orale, en français et en anglais
- Goût pour le travail en équipe
- Esprit d’analyse

Savoir-être :
- rigueur, sens de l’organisation, autonomie.

Your Work Environment

La plateforme MGX sert la communauté biomédicale montpelliéraine en proposant de nombreuses applications basées sur le séquençage haut débit : transcriptomique (RNA-seq, smallRNA-seq), y compris sur cellules uniques (scRNAseq), génotypage (RADseq, GBS), architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP-seq, RRBS, WGBS), y compris sur cellules uniques (scATAC-seq) …
La qualité des travaux réalisés et de l’organisation de la plateforme est attestée par sa participation à l’infrastructure nationale France Génomique en tant que membre du noyau central, par sa labélisation par le GIS IBiSA, par ses certifications ISO9001 et NFX50-900, et par les enquêtes satisfactions menées chaque année.
L’Institut de Génomique Fonctionnelle est une unité mixte INSERM-CNRS-Université de Montpellier composée d’environ 300 personnes qui travaillent en neurosciences, physiologie cardiaque et endocrine et en oncologie.
L'ingénieur(e) travaillera en interaction avec les bioinformaticiens et biologistes de la plateforme ainsi qu’avec les chercheurs et ingénieurs des équipes de recherche.
Au sein de la partie bioinformatique de l’équipe, la personne recrutée travaillera sous la responsabilité d’un ingénieur de recherche, ainsi qu’avec un ingénieur d’étude.

Constraints and risks

Pas d’astreinte. 38H30 par semaine.
Risques liés au travail sur écran.

Compensation and benefits

Compensation

à partir de 2521€ brut mensuel ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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