Description du poste

La protéomique étudie les protéines, qui sont les produits finaux de l’expression des gènes et les acteurs essentiels des grandes fonctions cellulaires. Des dysfonctionnements au niveau de ces protéines peuvent induire diverses pathologies. Au cours de leur vie dans la cellule ou lors de leur synthèse, ces protéines peuvent être modifiées par l’ajout de groupements chimiques. Ces modifications post-traductionnelles (PTM) sont souvent catalysées par d’autres protéines et peuvent avoir un impact sur leur activité, leur fonction et leur localisation cellulaire.
L’analyse des modifications post-traductionnelles par spectrométrie de masse vise à caractériser ces protéines modifiées en identifiant la nature des modifications et en localisant précisément le site de modification au niveau peptidique ou des acides aminés. Cela permet de documenter les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation des fonctions biologiques et dans certains processus pathologiques. Un défi majeur dans l’étude de ces modifications repose sur l’hétérogénéité qu’elles induisent dans l’échantillon, ainsi que sur la faible quantité de protéines modifiées présentes.
Le projet confié à l’apprenti(e) consistera à mettre en place, optimiser et développer les approches d’analyse et d’enrichissement des modifications post-traductionnelles sur le nouveau spectromètre de masse timsTOF Ultra2 de la plateforme Protéomique-Gif.
Ce projet sur 1 an (L3) comportera:
- le développement d’approches globales de type «shotgun», dites « discovery » qui consisteront à caractériser et identifier les protéines et leurs modifications post-traductionnelles avec sur des échantillons complexes, à partir de quantités très faibles de matériel. Ces développements impliqueront des optimisations de conditions de préparation d’échantillon, des paramètres d’acquisition avec le nouveau spectromètre de masse et d’analyses de données spécifiques, différents de ceux utilisés jusqu’alors sur la plateforme pour les analyses protéomqiues classiques.
- le développement d’approches ciblées et spécifiques d’enrichissement de peptides modifiés, en particulier phosphorylés et ubiquitinylés, et/ou de méthodes d’acquisition de spectrométrie de masse dans le but d’optimiser la détection et l’identification de ces peptides modifiés enrichis à partir d’extraits protéiques complexes.
Ces développements seront initiés sur des échantillons commerciaux et seront appliqués ensuite dans le cadre d’un projet collaboratif. Ils ouvriront des perspectives particulièrement intéressantes pour plusieurs projets collaboratifs ayant un interêts pour ces modifications en cours avec des équipes de recherche de l’I2BC et de l’Université Paris-Saclay. Ainsi après une mise en place de chaque méthode sur un échantillon modèle, elles pourront être appliquées à d’autres projets collaboratifs de la plateforme qui ont un besoin fort de pouvoir accéder à ces méthodes, et disposent du matériel biologique nécessaire.
L’apprenti apprendra progressivement à gérer de façon autonome le nouvel équipement, ainsi qu’un projet complet de développement en protéomique jusqu’à sa partie applicative dans un ou plusieurs projets collaboratifs avec des équipes de recherche. Il présentera régulièrement ses résultats oralement au cours de réunions d’équipe ou avec des collaborateurs. Cet apprentissage sur 1 ans niveau L3 dispensera une formation complète d’assistant ingénieur en protéomique.

Description de l'employeur

Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.

Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.

Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay composée de près de 600 personnes. L'unité est constituée d’une soixantaine d’équipes de recherche réparties dans 5 départements scientifiques (Biologie des Génomes, Biologie Cellulaire, Virologie, Microbiologie, Biochimie/Biophysique/Biologie Structurale). Leur activité est soutenue par 17 plateformes technologiques de haut niveau et des services support et soutien mutualisés.

L’apprenti(e) effectuera sa mission au sein de la plateforme protéomique-Gif SICaPS

Descriptif du profil recherché

Etudiant titulaire d’une L2 en sciences de la vie, d’un DEUST, DUT ou un BTS dans les domaines de la biologie et des biotechnologies

Langues

Anglais

Informations complémentaires

CDD de 12 mois pour une licence 3 pro Bio industries et biotechnologie de l'Université Paris Saclay