Description du poste

Dynamique et résilience des prairies humides du bassin du Rhin Supérieur : Étude de la banque de diaspores et des impacts des variations hydrologiques sur la biodiversité végétale

Sujet:
Le projet Interreg GRETA (GRroundwater EvoluTions and resilience of Associated biodiversity) étudie dix sites de prairies humides et leurs rivières phréatiques adjacentes, répartis dans le bassin du Rhin Supérieur. Ces sites ont été sélectionnés en raison de leur forte connectivité avec la nappe phréatique (moins d'un mètre sous la surface), de la disponibilité de données historiques sur la biodiversité et de la présence de piézomètres existants ou nouvellement installés pour le suivi des niveaux d'eau souterraine. Ce projet vise à mieux comprendre les dynamiques des zones humides et à formuler des recommandations pour une gestion plus durable face aux défis environnementaux actuels.

Un axe essentiel de ce projet porte sur l'étude de la résilience de ces milieux via le compartiment végétal, notamment les banques de diaspores. Ces dernières jouent un rôle fondamental dans la survie des espèces face aux stress environnementaux variés tels que le froid, la sécheresse et les inondations. Elles permettent ainsi de maintenir la stabilité à long terme des écosystèmes et de favoriser la régénération des communautés végétales suite à des perturbations.

Dans ce cadre, une étude est menée sur l’ensemble des sites du projet GRETA afin d'analyser la banque de diaspores à travers une approche multiméthodes combinant le suivi visuel de l’émergence des plantes et le barcoding (identification moléculaire) des plantules émergentes. L'expérimentation en mésosomes simulant différentes hauteurs d’eau vise à évaluer l'impact du niveau d'eau sur la banque de diaspores, en examinant les effets de la sécheresse ainsi que des différentes intensités d’inondation sur l’émergence des diaspores en dormance et la composition des communautés végétales. Cette approche permet de mieux comprendre les dynamiques de régénération des végétaux en réponse aux variations hydrologiques. Le croisement de ces résultats avec les données de composition végétale actuelle permettra dans un deuxième temps de mieux comprendre les dynamiques de persistance et de renouvellement des communautés végétales.

Le barcoding des plantules émergentes apporte un outil innovant pour compléter l'étude de la banque de diaspores, en attribuant un nom d’espèce à des plantules dont l’identification morphologique est difficile en raison de l'absence de caractères distinctifs au stade juvénile. Cette méthode moléculaire permet ainsi d'améliorer la précision des inventaires floristiques et d'optimiser l’analyse des communautés végétales en germination.

Enfin, dans le contexte global de l'étude qui inclut l’analyse de l'ADN environnemental des sols, disposer de barcodes pour les espèces présentes dans la banque de diaspores constitue une ressource clé. Cette base de données ADN offre un référentiel pour interpréter les résultats issus du séquençage de l'ADN du sol, facilitant ainsi l'identification des espèces végétales présentes sous forme latente. In fine, ces connaissances permettront d'informer les plans de gestion sur la préservation de la diversité endormie et d'améliorer les stratégies de conservation et de restauration de ces écosystèmes fragiles.

Missions :
• Réaliser une veille bibliographique sur l’étude des banques de diaspores et les impacts des variations hydrologiques sur l’expression de celle-ci.
• Concevoir le design méthodologique de l’étude, incluant l’élaboration et la mise en place du protocole expérimental
• Réaliser l’inventaire de la végétation actuelle.
• Echantillonnage de la banque de diaspores, mise en culture sous différents traitements, identification des plantules via des approches morphologiques.
• Extraction, amplification et séquençage de l’ADN de plantule pour leur identification moléculaire.
• Réaliser l’analyse statistique des résultats obtenus à partir des différentes méthodes utilisées afin d’évaluer la résilience des communautés végétales aux variations hydrologiques.
• Contribuer à l’interprétation écologique des résultats et à la rédaction d’un rapport ou d’une publication scientifique.

Description de l'employeur

Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.
Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.
Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/

Descriptif du profil recherché

Formation Master 2 en écologie (avec une spécialité milieux aquatiques et/ou restauration des écosystèmes)
• Expérience en détermination des communautés végétales terrestres.
• Connaissances générales sur le fonctionnement des zones humides.
• Attrait pour la recherche en écologie végétale expérimentale.
• Compétences et rigueur en laboratoire de biologie moléculaire.
• Capacité à appréhender un projet de recherche scientifique. Une expérience précédente lors d’un stage, d’un projet tutoré ou une forte motivation pour ce domaine, est demandée.
• Maitrise des outils informatiques, de bureautique (pack office).
• Compétences en analyse de données et SIG, notamment via les logiciels R et QGIS.
• Dynamisme, enthousiasme, curiosité, rigueur, patience et sérieux.
• Aptitude au travail de terrain, de laboratoire et en équipe tout en ayant un esprit d’initiative et un minimum d’autonomie.
• Permis B.

Conditions particulières d'exercice

Une partie du travail sera réalisé sur le terrain et demande une condition physique adéquate.

Langues

Français et un bon niveau d’anglais apprécié (lu, parlé et écrit)

Informations complémentaires

Le laboratoire image ville environnement (acronyme : LIVE) est une équipe pluridisciplinaire d'environ 80 personnes rassemblées au sein d'une unité mixte de recherche du CNRS et de l’Université de Strasbourg (UMR7362). Le laboratoire mène ses recherches autour de trois dimensions :
- l’environnement qui permet de replacer le tout dans une perspective physique et écologique
- l’image, en tant qu’outil d’analyse et de représentation, de visualisation et de communication
- la ville comme objet principal d’étude.
L'apprenti intégrera l'atelier BIOECO dont quatre membres sont impliqués dans le projet Interreg GRETA et deux font parti de l'équipe encadrante de l'apprenti. L'apprenti sera basé dans les locaux du LIVE à l'Institut de Botanique, 28 rue Goethe, Strasbourg, où sont localisés les laboratoire d'écologie et de biologie moléculaire.