Développement d’outils d’annotation en métabolomique dans l’environnement Galaxy (H/F)

Job Description

Missions

L’apprenti.e recruté sera impliqué dans un projet alliant bioinformatique et biologie des biofilms bactériens, avec un focus sur l’analyse de données en métabolomique par spectrométrie de masse. Cette mission en apprentissage offre la possibilité de travailler dans un environnement de recherche appliqué et la possibilité de développer des outils
utilisés par la communauté scientifique nationale et internationale. L’apprenti.e sera en charge dans un premier temps de l’analyse critique des outils actuels d’annotation de métabolites dans l’environnement W4M, et l’identification de leur limites. Il/Elle sera ensuite en charge de leur mise à jour ou du développement de modules manquants. Enfin, il/elle mettra en place des workflows reproductibles et les supports d’utilisations sous forme de ‘Galaxy Training Network’. Les workflows développés seront testés sur les données de métabolomique de biofilms de bactéries du laboratoire.

Your Profil

Le/la candidat.e recherché.e est un.e étudiant.e en master 2 en bioinformatique en apprentissage, autonome et rigoureux avec un esprit collaboratif et curieux. Il/elle doit maitriser des outils bioinformatiques, avoir des connaissances en écriture de programmes et de gestion des données. Des connaissances de traitement des données de spectrométrie de masse, en métabolomique en particulier, seraient appréciées mais non obligatoires. L’étudiant.e doit également pouvoir rédiger des supports d’utilisation en anglais (anglais écrit recommandé).

Your Work Environment

Description of the employer

Le laboratoire PBS (UMR6270 CNRS) développe des méthodes innovantes en métabolomique pour la caractérisation des biofilms, mode de vie de bactéries impliqué dans de nombreuses infections aigues ou chroniques. Ces méthodes sont basées sur des analyses par spectrométrie de masse et nécessitent la mise en place d’outils de traitement de données performants pour extraire l’information de manière fiable et pertinente. En particulier, la plateforme Galaxy a pour intérêt d’être une plateforme en ligne gratuite et open-source pour l’analyse de données multi-omiques. Au sein de Galaxy, le portail Workflow4Metabolomics (W4M) est un portail dédié pour le traitement des données de métabolomique. Le workflow de traitement de données concernant l’annotation des métabolites nécessite aujourd’hui d’être évalué et développé pour que l’offre de traitement des données soit complète pour les utilisateurs.

Special conditions of exercise

L’apprenti.e sera basé principalement au laboratoire PBS, sous la direction d’Isabelle Schmitz, ingénieure de recherche en métabolomique par spectrométrie de masse, et impliquée dans le comité de pilotage de W4M. Il/elle travaillera en collaboration avec différents acteurs du comité de pilotage, en particulier avec Gildas Le Corguillé au sein de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Ainsi, il sera amené à faire ponctuellement des missions au sein de l’IFB.

Compensation and benefits

Compensation

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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