Développement d’outils d’annotation en métabolomique dans l’environnement Galaxy (H/F)

Description du Poste

Les Missions

L’apprenti.e recruté sera impliqué dans un projet alliant bioinformatique et biologie des biofilms bactériens, avec un focus sur l’analyse de données en métabolomique par spectrométrie de masse. Cette mission en apprentissage offre la possibilité de travailler dans un environnement de recherche appliqué et la possibilité de développer des outils
utilisés par la communauté scientifique nationale et internationale. L’apprenti.e sera en charge dans un premier temps de l’analyse critique des outils actuels d’annotation de métabolites dans l’environnement W4M, et l’identification de leur limites. Il/Elle sera ensuite en charge de leur mise à jour ou du développement de modules manquants. Enfin, il/elle mettra en place des workflows reproductibles et les supports d’utilisations sous forme de ‘Galaxy Training Network’. Les workflows développés seront testés sur les données de métabolomique de biofilms de bactéries du laboratoire.

Votre Profil

Le/la candidat.e recherché.e est un.e étudiant.e en master 2 en bioinformatique en apprentissage, autonome et rigoureux avec un esprit collaboratif et curieux. Il/elle doit maitriser des outils bioinformatiques, avoir des connaissances en écriture de programmes et de gestion des données. Des connaissances de traitement des données de spectrométrie de masse, en métabolomique en particulier, seraient appréciées mais non obligatoires. L’étudiant.e doit également pouvoir rédiger des supports d’utilisation en anglais (anglais écrit recommandé).

Votre Environnement de Travail

Description de l'employeur

Le laboratoire PBS (UMR6270 CNRS) développe des méthodes innovantes en métabolomique pour la caractérisation des biofilms, mode de vie de bactéries impliqué dans de nombreuses infections aigues ou chroniques. Ces méthodes sont basées sur des analyses par spectrométrie de masse et nécessitent la mise en place d’outils de traitement de données performants pour extraire l’information de manière fiable et pertinente. En particulier, la plateforme Galaxy a pour intérêt d’être une plateforme en ligne gratuite et open-source pour l’analyse de données multi-omiques. Au sein de Galaxy, le portail Workflow4Metabolomics (W4M) est un portail dédié pour le traitement des données de métabolomique. Le workflow de traitement de données concernant l’annotation des métabolites nécessite aujourd’hui d’être évalué et développé pour que l’offre de traitement des données soit complète pour les utilisateurs.

Conditions particulières d'exercice

L’apprenti.e sera basé principalement au laboratoire PBS, sous la direction d’Isabelle Schmitz, ingénieure de recherche en métabolomique par spectrométrie de masse, et impliquée dans le comité de pilotage de W4M. Il/elle travaillera en collaboration avec différents acteurs du comité de pilotage, en particulier avec Gildas Le Corguillé au sein de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Ainsi, il sera amené à faire ponctuellement des missions au sein de l’IFB.

Rémunération et avantages

Rémunération

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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