Apprenti (H/F) en Master 2 Bio-informatique et Biologie des Systèmes

Job Description

Missions

Infinity est un institut de recherche offrant un environnement scientifique centré sur trois axes disciplinaires : l’Immunologie et les Maladies Infectieuses et Inflammatoires. L’institut se compose de 16 équipes de recherche, de 4 plateaux technologiques de pointe et de services supports efficaces (plus de 300 membres au total). Sa localisation au sein du campus hospitalo universitaire de Toulouse Purpan et les liens forts avec de nombreuses disciplines médicales constituent de réels atouts pour la conception et la réalisation d’études à fort potentiel sociétal.
C’est dans cet environnement que le plateau de Génomique et Transcriptomique s’est développé. Le plateau a pour mission d’accompagner les équipes de l’institut dans leurs projets omiques. Il intervient de la mise en place du projet jusqu’à l’analyse de données. Les 3 ingénieurs du plateau travaillent sur les différents services : la biologie moléculaires, le traitement et l’analyse de données NGS.

Dans ce cadre, l’apprenti.e sera accueilli.e au sein du plateau et aura pour mission de traiter et analyser des données NGS dans le cadre de projets réalisés par les équipes de l’institut.
L’apprenti.e aura pour objectifs d’apprendre à :
• Traiter et analyser des données omiques (bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq, scRNA- seq, scTCR-seq…)
• Restituer les résultats d’analyse en adaptant le discours aux différents publics (bio- informaticiens, biologistes, cliniciens...)
• Travailler en suivant une démarche FAIR (traçabilité des analyses, containerisation, dépôt sur bases de données publiques)
• Utiliser une infrastructure HPC pour le traitement des données
• Réaliser une veille bibliographique des outils et techniques omiques
Pour réaliser ces missions, l’apprenti.e sera encadré par la responsable du pôle bio- informatique. Iel interagira avec les membres du plateau pour les aspects techniques, ainsi qu’avec les utilisateurs du plateau pour réaliser les analyses et présenter les résultats.

Your Profil

Nous recherchons un.e apprenti.e en master 2 de bio-informatique avec plusieurs compétences.
Connaissances techniques
• connaissances théoriques des analyses de données bulk RNA-seq
• connaissances de base des langages de programmation R et bash
• maîtrise de l’anglais technique (niveau B2)
Savoir-être :
• une appétence pour la vulgarisation et le travail collaboratif
• de la rigueur et un sens de l’organisation

Your Work Environment

Description of the employer

Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.
Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.

Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/

Special conditions of exercise

Les projets sur lesquels interviendra l’apprenti.e impliquent l’analyse de données humaines sensibles. L’apprenti.e s’engagera à respecter les règles strictes de confidentialité et de protection des données en vigueur au CNRS, conformément aux exigences éthiques et réglementaires.

Compensation and benefits

Compensation

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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