Description du poste

Le projet de création d’une plateforme de détection de Biomarqueurs Diagnostiques et Pronostiques cliniques et précliniques a été porté par l’Institut Blood & Brain @Caen-Normandie (BB@C) et le GIP Cyceron (UAR 3408-US50) afin de répondre aux enjeux en matière de recherche biomédicale.
InnovaSEQ – Cell sorting and NGS @ Caen Normandie est une plateforme de service non thématique, hébergée au sein du Bâtiment Biologie Recherche du CHU de Caen Normandie. Elle offre la possibilité de réaliser du tri cellulaire, du séquençage haut débit (NGS) et de la biologie spatiale (Multiplex-Imaging) à l'ensemble de la communauté scientifique et médicale, publique et privée, dans le cadre de projets de recherche sous forme de prestations de service ou de collaborations.
InnovaSEQ propose son expertise en transcriptomique et génomique afin d’accompagner la communauté scientifique et médicale dans la recherche de nouveaux biomarqueurs pronostiques et diagnostiques afin de créer un effet levier pour une recherche d’excellence et permettre une meilleure prise en charge des patients dans diverses pathologies (neuropathie, cardiopathie, oncologie…). Labelisée IBISA dans la continuité du CRB InnovaBIO et certifiée ISO 9001 : 2015 (à l’exception du chapitre 8.3) pour ses activités de prestation de séquençage haut débit sur les échantillons humains, InnovaSEQ travaille en synergie avec le CRB InnovaBIO afin d’offrir à la communauté scientifique et médicale un continuum unique permettant de valoriser les bio-collections. InnovaSEQ se positionne comme une pierre angulaire entre la recherche fondamentale, la recherche clinique, les continuums précliniques/cliniques et les transferts de technologies public-privé.
En complément des analyses transcriptomiques RNAseq et Single-Cell RNAseq (scRNAseq) proposées sur la plateforme, InnovaSEQ a enrichi, cette année, son offre de service avec l’acquisition d’un appareil de biologie spatiale (Multiplex-Imaging). La biologie spatiale s’intègre dans la continuité des analyses RNAseq car elle permet une analyse plus complète et intégrée des tissus, en combinant résolution unicellulaire et information spatiale.
C’est dans ce contexte que nous souhaitons recruter un(e) apprenti(e) en biologie.
Le projet qui vous sera confié vise à optimiser et standardiser les protocoles expérimentaux pour la préparation et la mise en œuvre des technologies de scRNAseq et biologie spatiale.

 Préparation des échantillons pour scRNA-seq : Isoler des cellules viables et de haute qualité pour l’analyse transcriptomique unicellulaire.
- Dissociation des tissus en cellules uniques
- Purification des cellules ou noyaux individuels
- Comptage et évaluation de la qualité de la suspension cellulaire (LUNA-FL)

 Préparation des librairies scRNA-seq
- Préparation des librairies d’ADN (indexation et amplification des fragments d’ADNc)
- Vérification de la qualité et de la quantité des librairies (Tapestation, Qubit).

 Séquençage
- Normalisation des librairies et séquençage (NextSeq2000, Illumina)
- Vérification de la qualité des séquences

 Préparation des échantillons pour la biologie spatiale (MACSima, Miltenyi Biotech)
- Déparaffinage et réhydratation des coupes si nécessaire

 Optimisation du protocole MACSima
- Sélection et optimisation des panels d’anticorps et sondes ARN.
- Validation des anticorps multiplexés pour l’imagerie spatiale
- Optimisation des paramètres d’hybridation des anticorps fluorescents.
- Acquisition et traitement des images de microscopie à haute résolution
- Vérification de la qualité des images et correction des artefacts éventuels

 Analyse de données
- Participer à l’analyse des données de transcriptomique et biologie spatiale pour comparer les profils protéiques obtenus par MACSima avec les résultats d’expression RNAseq.

Description de l'employeur

Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.

Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.

Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/

Descriptif du profil recherché

Nous recherchons un(e) apprenti(e) en biologie moléculaire et cellulaire préparant un diplôme de BUT3 – Parcours Biologie médicale et Biotechnologie ou Licence Pro

* Compétences
Bonne maîtrise des techniques de biologie moléculaire
Bonne maitrise des techniques d’immunohistochimie
Connaissance générale des technologies de séquençage haut débit
Connaissance générale de la démarche du management de la qualité (norme ISO 9001)

* Savoir-être
Rigueur et Autonomie
Organisation
Esprit d’initiative et curiosité
Capacité à travailler en équipe
Compétences rédactionnelles
Esprit de synthèse

Conditions particulières d'exercice

Le poste est affecté physiquement sur la plateforme InnovaSEQ –Cell sorting and NGS @ Caen- Normandie, implantée dans le Bâtiment de Biologie du CHU de Caen

Langues

Anglais niveau B1