Missions

L'ingénieur ou l'ingénieure d'études mettra au point, optimisera et adaptera de nouvelles approches
méthodologiques pour suivre la structure des ARN in vivo aussi bien au niveau d'une population de
molécules que de la molécule unique. Des stratégies de marquages des ARN naissant (par exemple par le
4-thiouracile) seront développées pour apporter des informations temporelles sur les changements de
structure des ARN au cours d'une infection virale ou bactérienne.

La personne sera en particulier chargée de développer le séquençage direct des longs ARN par la
technologie Oxford Nanopore pour cartographier les modifications chimiques des ARN, qu'elles soient
post- transcriptionnelles ou qu'elles résultent de réactifs chimiques destinées à l'étude structurale
des ARN.

Activités

- Identifier et optimiser les approches de cartographie de l'ARN in vivo,
- Quantifier et normaliser les échantillons et s'assurer de leur qualité avant séquençage par la
technique Nanopore,
- Assurer l'archivage et la transmission des données aux équipes,
- Réaliser les achats du matériel et des kits nécessaires à la préparation des ARN,
- Effectuer la veille technologique sur toutes les étapes de la préparation des échantillons et
plus généralement sur le développement de nouvelles techniques de séquençage (nanopore ou autre) et
leurs applications,
- Conseiller les utilisateurs sur les évolutions potentielles et les limites des approches mises
en œuvre.

Compétences

Savoirs :
- Avoir de solides compétences en biologie moléculaire et génomique, en séquençage haut-débit,
et tout particulièrement dans la préparation des banques de séquençage,
- Posséder des connaissances sur l'analyse des ARN, la purification des complexes
ribonucléoprotéiques,
- Connaître les différents équipements utilisés pour le séquençage (Illumina NextSeq, Oxford
Nanopore, BGI...) afin de pouvoir conseiller les chercheurs en fonction de leurs projets,
- Connaître les outils informatiques de traitement des données serait un atout,
- Posséder une bonne maîtrise écrite et orale de l'anglais scientifique (niveau B2)

Savoir-faire :
- Etre en mesure d'adapter les protocoles en fonction du matériel biologique,
- Connaître et appliquer les règles de sécurité et d'éthique en respectant les usages en cours
dans l'unité.

Savoir-être :
- Avoir un relationnel de qualité et faire preuve de pédagogie pour pouvoir interagir avec de
nombreux interlocuteurs travaillant à différents niveaux (équipe de recherche, plateforme de
séquençage, cellule bio-informatique),
- Faire preuve de rigueur, d'organisation et d'esprit d'initiative.

Contexte de travail

L'ingénieur-e travaillera dans l'unité "Architecture et Réactivité de l'ARN" localisée à l'Institut
de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC). Cette unité est composée de 12 équipes qui utilisent
de nombreuses techniques à l'échelle des génomes avec l'objectif de faire progresser les
connaissances sur les structures et fonctions des ARN, notamment ceux qui exercent une fonction clé
dans le décodage de l'information génétique, le contrôle de l'expression des gènes et la réplication
virale. L'ingénieur-e recruté-e travaillera en majeure partie dans l'équipe de recherche intitulée
"Biologie des génomes des virus à ARN". Cette équipe développe des approches de type
transcriptomique pour suivre la structure des ARN en temps résolu et à l'échelle de la molécule
unique. En outre, l'ingénieur-e apportera son savoir-faire à de nombreuses autres équipes de l'unité
afin de suivre la structure de divers ARN en particulier dans un contexte infectieux (bactérien ou
viral). L'ingénieur-e sera placé-e sous la responsabilité du responsable de l'équipe "Biologie des
génomes des virus à ARN" ainsi que sous celle du directeur d'unité. Afin de l'aider dans sa prise de
fonction, il/elle sera accompagné-e par les personnels de l'unité et aura accès à l'offre de
formation du CNRS.
Il ou elle aura la possibilité de se former via l'offre de formation du CNRS ainsi que de
l'université de Strasbourg. Il/elle pourra également bénéficier selon les modalités en vigueur des
indemnités de transport, du forfait mobilités durables, ainsi que du remboursement d'une partie des
cotisations de protection sociale complémentaire destinées à couvrir les frais de santé ainsi que du
CE(CAES) du CNRS. Un service de restauration collective avec des tarifs privilégiés se trouve à
proximité de l'IBMC.
En accord avec son supérieur hiérarchique et après une période de formation, l'ingénieur-e aura la
possibilité de télétravailler au moins 1 jour par semaine.