Missions

L'ingénieur ou ingénieure de recherche a pour mission de piloter l'évolution et la maintenance des
outils logiciels et infrastructures de la plateforme BiGEst-ICube (Bioinformatique et Génomique Est)
du laboratoire ICube (UMR 7357) et membre de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB).

Activités

- Piloter des projets collaboratifs ou de prestation, de la conception à la réalisation et mise en
œuvre des applications
o Analyser les besoins et constituer les cahiers des charges fonctionnelles des projets,

- Développer de nouveaux services et logiciels
o Maturation des développements originaux issus du laboratoire d'adossement,
o Déploiement d'un produit avec accompagnement et formation des utilisateurs,
o Développement de modèles d'intelligence artificielle appliqués au domaine biomédical, en
partenariat avec les experts du laboratoire.

- Piloter la visibilité de la plateforme
o Suivi d'une démarche qualité,
o Plan de communication,
o Assurer l'accès à l'infrastructure de calcul (serveur, grille, cloud), logiciels,
(analyse/modélisation de données `omics, évolution, relations génotype-phénotype), et workflows de
la plate-forme à ses utilisateurs.

- Offrir une expertise et des conseils aux utilisateurs

- Offrir des formations initiales et continues en programmation, sciences ouvertes, utilisation de
HPC, bioinformatique aux utilisateurs académiques ou privés

- Assurer une veille technologique en relation avec le domaine bioinformatique et les experts du
domaine

Compétences

Savoirs :
- Connaissances en bioinformatique (aspects biologiques, algorithmes dédiés),
- Systèmes et langages : bash, C, C++, Python, Tcl, PHP, Javascript, Java, bases de données
PostgreSQL,
- Administration de serveurs Linux.

Savoir Faire :
- Conception et mise en place de Plans Gestion de Données (PGD),
- Conception, développement et mise en production de logiciels multi-langages,
- Développement et déploiement d'approches IA (Apprentissage Profond, Algorithmes
Évolutionnaires, Grands Modèles de Langage),
- FAIRification et anonymisation des données sensibles,
- Gestion de données massives,
- Conception de stratégies pour le traitement de données hétérogènes,
- Compétences fortes en utilisation d'infrastructures de calcul distribué Cloud (Openstack),
High Performance Computing et Grid computing.

Savoir être :
- Autonomie, savoir prendre des initiatives,
- Réactivité, rigueur et organisation,
- Savoir interagir et communiquer avec une équipe multi-disciplinaire (biologistes,
bioinformaticiens, informaticiens).

Contexte de travail

Le laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube : UMR 7357)
compte près de 650 membres, et représente une force de recherche majeure du site de Strasbourg.
ICube a comme champs d'application privilégiés l'ingénierie pour la santé, l'environnement et le
développement durable. Dans le cadre de son partenariat privilégié avec Télécom Physique Strasbourg,
école associée à l'Institut Mines-Télécom, le laboratoire ICube est membre de l'Institut Carnot
Télécom & Société numérique.
La personne recrutée intègrera la plateforme BiGEst-ICube qui offre un soutien à la valorisation des
activités d'ICube (notamment les équipes CSTB, SDC, AVR, IMAGE et la plateforme GAIA) en proposant
des services autour de ses expertises et ressources bioinformatiques. Ces services mutualisés
concernent notamment des outils et algorithmes de fouille de données, axés sur les analyses
évolutives et fonctionnelles dans les domaines d'applications essentiellement biomédicales.
Au niveau local, BiGEst-ICube est une composante de la plateforme bioinformatique de l'Université de
Strasbourg BiGEst qui regroupe les services bioinformatiques régionaux de plusieurs unités de
recherche (IBMP, IBMC, ICube, IGBMC, IPHC, GMGM). Au niveau national, BiGEst fait partie des 21
plateformes membres de l'infrastructure nationale de recherche en bioinformatique « l'Institut
Français de Bioinformatique » (IFB).
Le poste est localisé au Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS) sur le site du
Nouvel Hôpital Civil, aux horaires habituels de laboratoire ou en télétravail jusqu'à 2 jours par
semaine de manière périodique. Dans le cadre de collaborations scientifiques ou de formations, des
déplacements en France ou à l'étranger peuvent être nécessaires.