Missions

Concevoir, développer et mettre en œuvre des approches méthodologiques et des outils bioinformatiques pour l'analyse de données multi-omiques à haut débit, dans le cadre de projets de recherche portant sur les mécanismes impliqués dans les pathologies affectant l'immunité et/ou le système nerveux.

Activités

- Définir et choisir l'ensemble des approches bio-informatiques nécessaires à l'analyse des métadonnées issues des expériences du laboratoire ;
- Élaborer un plan d'étude et de recueil de données optimal en réponse aux problématiques posées ;
- Concevoir, tester et valider de nouveaux algorithmes et modèles mathématiques adaptés aux problématiques de recherche ;
- Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et de traitement de données ;
- Assurer la conservation et faciliter la diffusion des données et métadonnées de l'unité par leur archivage pérenne dans des bases de données publiques ;
- Rassembler, structurer, stocker et établir des liens entre les différentes sources de données ;
- Analyser les données omiques dérivant des travaux de recherche de l'unité, notamment RNA-seq, ChIP-seq, metagenomics, single-cell, protéomiques, metabolomiques et le traitement d'images ;
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques au travers de rapports, de dépôts de brevets, de publications scientifiques et de présentations orales ;
- Organiser et maintenir une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité afin d'être à jour sur les avancées et innovations ;
- Assurer la formation et l'accompagnement des chercheurs, ingénieurs et étudiants à l'utilisation des outils bioinformatiques.


Activités associées
- Participation aux réunions d'équipe et séminaires ;
- Présentation des résultats en conférence ;
- Rédaction d'articles scientifiques ;
- Contribution à l'encadrement des doctorants et stagiaires.

Compétences

Savoirs :
- Compétence avancée en bio-informatique ;
- Connaissance en statistiques avancées et biostatistique (ANOVA, PCA, clustering, modèles linéaires) ;
- Connaissances approfondies en biologie moléculaire et cellulaire, génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique ;
- Connaissance des technologies de séquençage haut débit (NGS) : Illumina, PacBio, Oxford Nanopore ;
- Connaissance des bases de données biologiques : NCBI, Ensembl, UniProt, GEO, PDB, etc ;
- Connaissance des formats de données biologiques : FASTA, FASTQ, GFF, SAM/BAM, VCF ;
- Connaissance avancée en langages de programmation : Python, R, Java, etc ;
- Connaissances approfondies des systèmes Linux/Unix et des environnements de calcul haute performance ;
- Connaissances approfondies des concepts d'analyse statistique appliqués aux données biologiques ;
- Maîtrise des techniques de cytométrie en flux multi-paramètres, de microcopie et d'imagerie ;
- Connaissance des bonnes pratiques de science ouverte et la reproductibilité (FAIR data) ;


Savoir-faire :
- Développer de nouveaux modèles d'analyse multi-omiques ;
- Maîtrise des logiciels d'analyses de cytométrie en Flux et d'images ;
- Gestion de données massives et complexes ;
- Assurer le suivi, la traçabilité et la reproductibilité des analyses ;
- Collaborer efficacement en équipes pluridisciplinaires ;
- Respecter et appliquer les règles d'hygiène et sécurité ;
- Communiquer efficacement en anglais.


Savoir-être :
- Rigueur scientifique, sens du détail et organisation ;
- Esprit d'équipe et capacité à collaboration pluridisciplinaire ;
- Autonomie et organisation dans la gestion de projet ;
- Curiosité, goût pour l'innovation scientifique et technologique ;
- Capacité d'adaptation dans un domaine en évolution rapide ;
- Capacité à gérer les priorités ;
- Sens du partage des connaissances et d'accompagnement (collègues, étudiants).

Contexte de travail

Laboratoire d'Immuno-NEuro Modulation (INEM), est une Unité Mixte de Recherche UMR7355, situé sur le campus CNRS d'Orléans. L'unité compte deux équipes (20 chercheurs et enseignants-chercheurs, 10 IT, 10 doctorants et stagiaires) et dispose d'infrastructures de pointe en culture cellulaire (L1 et L2), de cytométrie en flux, histologie (automate de traitement des tissus, microtomes, cryostats), analyse de la fonction pulmonaire (Pléthysmographes invasif et non invasif), et expérimentation animale (animaleries A1 et A2 sur site).

L'évolution importante des activités expérimentales de l'unité nécessite l'utilisation de techniques informatiques spécifiques, qu'il s'agisse de la génération de données multi-omiques, de l'acquisition d'images 2D ou 3D, ou encore de leur traitement et de leur analyse.
Cette évolution entraîne une augmentation significative du volume de données et requiert des compétences dédiées.
Nous envisageons ainsi de mettre en place, au sein du laboratoire, une plateforme technique dédiée à l'analyse des données de séquençage, aux études d'expression génique, à la métabolomique ainsi qu'à d'autres approches bioinformatiques.

Placé-e sous la responsabilité de la directrice d'unité, la personne recrutée interagira avec les deux équipes.
Possibilité de participer à des congrès internationaux au moins 1 fois par an.

Contraintes et risques :
Les risques sont ceux typiques d'un laboratoire expérimental de biologie confiné de niveau 2.


Contact : Dieudonnée TOGBE, DU INEM-UMR7355, dtogbe@cnrs-orleans.fr