Missions

L'Ingénieur-e en techniques biologiques recruté sera impliqué dans des programmes de recherche du MIO
qui peuvent être développés sur toutes les régions de l'océan mondial. Il/elle concourra à
l'élaboration, la mise au point et le développement de techniques nouvelles d'observation et de
traitement du zooplancton, tant in situ qu'au laboratoire, ainsi qu'à l'amélioration de leurs
résultats. Possédant une bonne expertise en taxonomie, il/elle fera le lien entre les techniques
traditionnelles d'observation et les nouvelles techniques automatisées de comptage et d'identification
des organismes basées sur divers capteurs laser, vidéo et acoustique, ainsi que l'identification
génomique. Il/Elle participera à l'amélioration de la reconnaissance spécifique à partir de traitement
d'images d'organismes, dans le cadre de la plateforme Taxonomie et Imagerie. L'Ingénieur en techniques
biologiques contribuera aux suivis à long terme du zooplancton réalisés au laboratoire. Il/Elle sera
amené à embarquer régulièrement sur les navires de la flotte française ou sur d'autres plateformes
nationales ou internationales.

Activités

o Préparer et réaliser des missions d'échantillonnage de terrain
o Traiter les échantillons au laboratoire : identification et dénombrement des taxa,
constitution de collections et de banques d'images de taxa, mesures de biomasse, analyse de la
structure en taille, constitution de lots homogènes pour des analyses isotopiques, préparation des
échantillons pour la métagénomique
o Développer de nouveaux protocoles et participer ainsi à la transition entre les anciennes et
nouvelles techniques d'observation et d'analyse
o Mettre en place et maintenir des élevages d'espèces modèles et assurer le suivi
d'expérimentations au laboratoire sur ces espèces
o Consigner et mettre en forme les données
o Organiser la conservation, le stockage et l'archivage des échantillons de plancton
o Participer aux groupes de travail nationaux et internationaux sur l'observation et
l'identification du zooplancton
o Maintenir une veille technologique et participer aux formations liées aux évolutions des
techniques automatisées (analyse d'image, techniques laser et acoustiques)

Compétences

Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires.
* Connaissance approfondie et maîtrise en taxonomie du zooplancton.
* Connaissances en océanographie biologique et en technologie marine
Savoirs sur l'environnement professionnel
* Connaissance des techniques d'échantillonnage et d'analyse du zooplancton
* Connaissances des réglementations d'activités en mer.
Savoir-faire opérationnels
* Maîtrise d'outils d'observation du zooplancton au laboratoire et in situ ;
* Pratique de logiciels de traitements de données et capacité d'analyse des résultats ;
* Assurer la mise à disposition opérationnelle de certains outils statistiques
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires.
* Notions de base en analyses de données statistiques
Savoir-faire opérationnels
* Qualité rédactionnelle de rapports et de protocoles.
* Capacité d'initiative dans l'amélioration des techniques (optimisation de protocoles, ...)
et des conditions pratiques de travail (réparation de matériel, fabrication d'objets
accessoires...).
* Capacité à s'impliquer dans des tâches communes à bord des navires en plus de tâches dédiées

Contexte de travail

L'activité s'exercera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO) au sein de l'équipe de Madame
Delphine THIBAULT, EMBIO (70%) sur le site de Marseille comportant un groupe de 7 Chercheurs/
Enseignant et Chercheurs directement concernés par la thématique (Marseille et Toulon). Les activités
de terrain seront réalisées en grande partie en relation avec la plateforme SAM (Service Atmosphère-
Mer). Dans le cadre de la plateforme Taxonomie et imagerie (30%), qui regroupe tous les équipements de
pointe d'optique et d'imagerie (ZooScan, FlowCam, Planktoscope, loupes binoculaires,), l'IE
contribuera à la maintenance de ces équipements, sera impliqué dans les dynamiques interdisciplinaires
développées au MIO reliant taxonomie du plancton, imagerie, reconnaissance automatique d'mage (IA),
et des nouvelles approches génomiques et pourra analyser des échantillons d'autres équipes du MIO ou
réaliser ponctuellement quelques prestations extérieures.