Missions

L'ingénieur-e biologiste en analyse de données aura la charge du développement et l'analyse des données de séquence. Il/Elle apportera conseil et formation auprès des utilisateurs des outils bioinformatiques. Il/Elle participera aux projets de recherche et veillera à la maintenance des outils bioinformatiques.

Activités

1) 50% développement et analyses :
- Développement des outils de traitements automatisés de données biologiques et les appliquer dans le cadre de programmes de recherche
- Identification et application de logiciels de bioinformatique existants pour les différentes étapes de l'analyse des données de séquences (par exemple : contrôle qualité, assemblage, mapping, alignement, annotation, inférence phylogénétique, analyses évolutives)
- Automatisation et standardisation à l'aide de scripts (bash, python, pearl, etc.) et de pipelines dédiés
- Développement / programmation de méthodes ad hoc et conception de packages

2) 50% conseil, formation aux équipes, aide à la gestion de projets bioinformatiques :
- Rédaction des protocoles d¿utilisation des outils et des méthodes mises en place en (1)
- Conseil pour le choix de méthodologies lors de l'élaboration d'un projet scientifique et dans leur mise en œuvre
- Formation, conseil et assistance aux utilisateurs des outils d'analyse de séquences
- Transfert de connaissances et des savoir-faire (animation de réunions bioinformatique, contribution à l'écriture d'articles)
- Formation et/ou encadrement (scientifiques, partenaires en accueil, stagiaires et étudiants)
- Veille scientifique sur les logiciels et test de nouvelles approches
- Maintenance des outils bioinformatiques développés au CIRB

Compétences

Connaissance
- Connaissances approfondies en bioanalyses et bioinformatique
- Connaissance en gestion des bases de données
- Connaissances de base en biologie (notamment biologie des populations ou microbiologie)
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire
- Expertise dans au moins un langage de programmation commun, comme R, Python ou C/C++
- Expertise en réalisation de pipelines d'analyse (bash, python, snakemake, perl, etc.)
- Expertise sur les logiciels standards d'analyse de données de séquence (contrôle qualité, assemblage, mapping, alignement, annotation, inférence phylogénétique, analyses évolutives)
- Gestion de grands jeux de données scientifique, en accord avec les principes FAIR
- Utilisation de cluster
- Savoir s'auto-former sur de nouveaux langages, nouveaux logiciels et nouvelles technologies
- Faire de la veille logicielle

Savoir être
- Aisance relationnelle
- Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

Le CIRB (Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie) au Collège de France, souhaite recruter ingénieur en bioinformatique pour analyser les données de séquence ayant une importance croissante en biologie. Le CIRB comprend 20 équipes réparties en 3 axes (Biologie Cellulaire & Développement, Neurosciences, Ecologie & Evolution), pour une Unité comprenant environ 200 personnes. La personne recrutée accompagnera les équipes du CIRB dans leurs projets d¿analyse de séquences, en particulier les équipes de l'axe Ecologie & Evolution composé de 5 équipes. Il/Elle sera placé sous la responsabilité hiérarchique du Responsable de l'axe Ecologie et Evolution.