Missions

1) Mission Plateforme Phénotypage Cellulaire et Tissulaire (PPCT)
L'ingénieur-e aura en charge la mise au point des techniques de préparation microfluidique de
librairies d'ARNm de cellule unique dans le cadre des projets scientifiques d'équipes de recherche

2) Mission au sein de l'équipe Inflammation, dégénérescence et remodelage vasculaire dans les
pathologies rétiniennes

L'ingénieur-e aura pour mission de mettre au point et d'optimiser des méthodes indispensables au
développement des projets scientifiques de l'équipe pour des modèles in vitro et in vivo. Il/Elle
doit être capable de proposer et de choisir l'approche et la méthode les plus adaptées en
concertation avec ses collègues chercheurs.

Activités

Activités Plateforme :

- Choisir, développer et adapter les protocoles nécessaires à la préparation des tissus
(organoïdes, cultures cellulaires etc...) jusqu'à la production de librairies d'ADNc étiquetées
d'une manière cellule spécifique.
- Participer au développement des protocoles nécessaires à produire des préparations de
cellules isolées des divers tissus d'intérêt (cornée, conjonctive, rétine, cerveaux)
- Définir les paramètres nécessaires à un tri de cellules intérêt et à l'étiquetage d'ARNm de
chaque cellule individuelle pour l'analyse par scRNA-Seq.
- Conduire l'appareillage dédié à l'approche (système microfluidique) et en assurer le
fonctionnement
- Exploiter et présenter les résultats des analyses, en garantir le suivi et la qualité
- Rédiger des rapports d'expériences.
- Assurer une veille technologique sur les analyses transcriptomiques

Activité Equipe :

- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques (prélèvement
de tissus, électrophorèse, techniques immunologiques, histologiques, génotypage, biologie
moléculaire, biologie cellulaire, microscopies, cytométrie)
- Exploiter et présenter les résultats des analyses, en garantir le suivi et la qualité
- Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des notes techniques
- Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre des projets de l'équipe
- Participer activement à la transmission de ses compétences et savoir-faire méthodologiques
aux nouveaux arrivants.
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations
orales et de publications

Compétences

Savoirs / connaissances :

- Connaissance générale en biologie animale et plus approfondie dans la structure et la
fonction visuelle
- Connaissance approfondie en expérimentation et chirurgie animale et en particulier la
chirurgie oculaire chez les rongeurs
- Connaissances sur les maladies neurodégénératives et inflammatoires de la rétine
- Anglais : B1 à B2
- Maîtrise des techniques de présentation orales et écrites

Savoir-faire :

- Immunohistochimie : coupes et immunomarquage sur coupes congelées, paraffinées et histo-
résine
- Biologie moléculaire : extraction d'ARN et d'ADN, synthèse d'ADNc, RT qPCR, PCR, synthèse de
librairies d'ADNc (Single cell RNASeq)
- Biochimie : western blot, ELISA
- Manipulation du petit animal (rat, souris) : préhension, contention, prélèvement sanguins,
tranquillisation, anesthésie, euthanasie
- Chirurgie oculaire chez le rongeur
- Dissection des tissus oculaires et obtention des coupes fines, préparation de rétines à plat
- Évaluations morphologiques et fonctionnelles de la rétine et de la cornée (ophtalmoscopie,
visualisation fond d'yeux, tomographie à cohérence optique, électrorétinographie, mesure de pression
Intraoculaire)
- Microscopie à fluorescence et confocale
- Exploitation des outils informatiques de recueil et de traitement des données.
- Connaissance de la réglementation en expérimentation animale ainsi que les normes qualité
applicables
dans le cadre de la manipulation des organismes génétiquement modifiés.
- Connaissances en bureautique: Word, Excel, Power point, Graphpad, Photoshop, Illustrator,
- Autres logiciels :Metamorph, ImageJ, Step one plus
- Connaissance (et/ou formation suivie) des règles d'hygiène et sécurité
- Travail en milieu confinés (L2, A2)

Savoir-être:

- Capacité de raisonnement analytique
- Sens de l'organisation
- Sens relationnel

Formation niveau 1 en expérimentation animale (des formations pourront être proposées)

Contexte de travail

L'Institut de la Vision (IdV) est l'un des plus grands centres européens de recherche intégrée sur
les maladies de la vision. Installé au cœur du CHNO des Quinze-Vingts, il réunit sur un même site la
recherche fondamentale, clinique et industrielle afin d'accélérer le passage entre recherche
fondamentale et recherche appliquée, et de découvrir et valider de nouvelles thérapeutiques ou
solutions préventives, ainsi que des technologies compensatrices des atteintes visuelles, au
bénéfice des patients.
L'IdV dispose d'une Plateforme PPCT pour l'analyse protéique en cytométrie en flux et
transcriptomique de haut niveau technologique répondant aux besoins des chercheurs de l'IdV et de
tous ses partenaires.
La Plateforme compte un cytomètre, un trieur de cellules (permettant la purification des différents
types cellulaires d'intérêt), et un système microfluidique (permettant de réaliser le séquençage
d'ARN sur cellule unique). Ces appareils performants, fiables et faciles d'accès sur la plateforme
permettent l'analyse d'expression d'ARNm avec une résolution en cellule unique dans le contexte
tridimensionnel des organoïdes rétiniens, d'explants d'œil et de rétine, de coupes de cerveau ainsi
que des tissus issus de modèles animaux rongeurs, poissons, primates développés à l'IdV.
L'équipe Inflammation and Immunology in retinal diseases se concentre sur les mécanismes
inflammatoires impliqués dans la dégénérescence maculaire liée à l'âge, la rétinopathie diabétique
et l'uvéite non infectieuse. Leurs recherches mettent en lumière les réponses immunitaires qui
conduisent à la dégénérescence neuronale et au remodelage vasculaire dans ces affections oculaires,
en mettant en évidence des anomalies telles qu'une accumulation prolongée de phagocytes mononucléés
pathogènes et une suractivation du système immunitaire inné. Ces travaux visent à mieux comprendre
ces maladies et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.