Ingénieur-e d'études en Modélisation moléculaire H/F

Job Description

Missions

L'ingénieur(e) d'études sera chargé(e) d'élaborer des modèles moléculaires pour explorer, prédire et
optimiser les propriétés structurales et fonctionnelles de protéines, peptidomimétiques et molécules
organiques.
Il / elle travaillera étroitement avec l'équipe « Chimie Organique et Médicinale » (COM) de l'ICCF
sur des projets à l'interface Chimie-Biologie, portant notamment sur l'analyse conformationnelle de
molécules / foldamères, les interactions récepteur/ligand, enzyme/substrat ou protéine/protéine et sur
la réactivité chimique et biochimique.

Activity

- Mettre en œuvre une ou plusieurs techniques de simulation / modélisation conduisant à
l'obtention de connaissances sur la nature et les propriétés du matériau étudié (protéines /
molécules / oligomères / foldamères)
- Construire des modèles de cibles biologiques à partir de données cristallographiques ou par
homologie de séquence
- Conduire des analyses conformationnelles (molécules / oligomères / foldamères)
- Étudier les interactions moléculaires via des techniques de dynamique moléculaire / docking
/ QSAR pour évaluer les affinités et modes d'action potentiels entre protéine-protéine ou protéine-
ligand.
- Analyser les résultats issus des simulations en termes de propriétés chimiques et réactivité
- Simuler la réactivité chimique et biochimique des systèmes étudiés en utilisant la dynamique
quantique, la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) et les approches hybrides QM/MM.
- Assurer le bon fonctionnement et la maintenance courante des équipements
- Installer des outils et des logiciels de modélisation sur des moyens de calcul (mésocentre)
- Conseiller les chercheurs sur le choix des logiciels et des méthodes de simulation
moléculaire à employer en fonction du problème à traiter et de l'architecture des ressources de
calcul utilisées
- Former les usagers à l'utilisation de l'instrument et à l'exploitation des données
- Diffuser et valoriser des résultats de recherche
- Assurer une veille technologique et scientifique pour intégrer les dernières avancées en
modélisation moléculaire, tout en proposant des solutions innovantes répondant aux besoins des
projets
- Contribuer à la rédaction de publications scientifiques, de rapports techniques et de
documents de présentation pour valoriser les résultats obtenus.

Your Profil

Skills

- Connaissance des outils de modélisation moléculaire : simulation tout atome que
ce soit dans le cadre des approches quantiques, classiques ou hybrides (QM/MM) (formation en interne
possible)
- Capacité à travailler de manière autonome dans un environnement LINUX
- Aptitude à installer, configurer et gérer les logiciels de modélisation moléculaire sur des
infrastructures de calcul partagées, notamment au sein du Mésocentre Clermont Auvergne.
- Goût affirmé pour le travail en équipe
- Capacité à accompagner le développement de compétences des membres du service et de l'équipe
« Chimie Organique et Médicinale » de l'ICCF.
- Rédiger des rapports ou des documents techniques
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Niveau de langue anglaise écrit et oral B1/B2

Savoir-être :
- rigueur / fiabilité,
- sens de l'initiative et de l'organisation,
- capacité d'adaptation et de conceptualisation

Your Work Environment

L' Institut de Chimie de Clermont-Ferrand ( ICCF), institut à vocation pluridisciplinaire en Chimie
regroupant 120 personnels permanents, est une unité mixe de recherche (UMR6296) sous la double
tutelle du CNRS et de l'Université Clermont-Auvergne.
La modélisation moléculaire est un outil incontournable pour répondre aux problématiques de
recherche, comme en témoignent le nombre de publications et les demandes d'études de modélisation
moléculaire en forte augmentation. La demande croissante au sein de l'ICCF a conduit au renforcement
des capacités de calcul, avec l'ajout de serveurs GPU et l'accès aux infrastructures du Mésocentre
Clermont Auvergne. Ce qui motive le recrutement d'un(e) ingénieur(e) d'études spécialisé(e) en
modélisation moléculaire, qui viendra soutenir les projets des différentes équipes (service / COM).

L'ingénieur(e) sera intégré(e) à 50 % dans le service de modélisation moléculaire, qui rassemble 2
EC et un IR CNRS, l'IE participera à la mise en place des outils de modélisation sur le Mésocentre
ainsi qu'à la gestion des flux de calculs pour la partie technique. Pour la partie service, l'IE
sera pleinement intégré(e) dans les projets portés par les équipes de l'ICCF, allant de la
photochimie à la biocatalyse en passant par les matériaux. Le service fait également partie d'un
LabCom avec Michelin portant sur l'étude de la biodégradation des pneumatiques par voies
enzymatiques.
L'ingénieur(e) sera également intégré(e) à 50% à l'équipe COM qui rassemble 15 EC (5 PR et 10 MCF)
ainsi que 2 chercheurs CNRS (2 DR) et 1 IE CNRS. L'IE sera pleinement intégré(e) dans les projets
portés par l'équipe COM, à l'interface Chimie-Biologie et concentrés sur la conception, la synthèse
et l'analyse de molécules organiques visant des cibles thérapeutiques innovantes. L'équipe COM est
affiliée au CIR3 « Mobilité personnalisée comme facteur-clé de la santé » du programme I-SITE CAP
2025.

Compensation and benefits

Compensation

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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