Missions

Au sein d'un pôle de bioinformatique en construction au laboratoire RDP, le (la) ingénieur (e)
biologiste en traitement de données aura pour mission d'apporter un soutien bio-informatique (NGS)
et l'integration des projets au sein d'un hub bio-informatique (coordination et traitement des
demandes de soutien par des biologistes et accompagner les bioinformations recrutés sur projet).

Activités

-Renforcer le pôle bioinformatique du laboratoire dans le conseil, l'accompagnement des
bioinformaticiens recrutés sur projet et la formation des biologistes aux bonnes pratiques et
méthodologies d'analyses NGS

-Réaliser l'analyse bioinformatique (et statistique) des données (épi)génomiques issues
de séquençage haut-debit (Illumina RNA-, ChIP-, ATAC-, Bisulfite-seq, Cut&Run-, Cut&Tag-seq;
Nanopore-seq, traitement de données single cell/nuclei-seq)

-Etablir des standards informatiques (Git, Nextflow) afin de pérenniser et mutualiser les
méthodologies mises en place et permettre leur adaptation aux projets des équipes

-Effectuer le stockage et la visualisation des données complexes.

-Utiliser les outils computationnels préexistants, réaliser leur adaptation et
éventuellement le développement de nouveaux outils bioinformatiques

-Effectuer la mise en forme des analyses réalisées et des résultats obtenus ainsi que
leur restitution didactique

-Réaliser la veille scientifique sur les méthodes du domaine

Compétences

Connaissances:
-Connaissance approfondies des analyses computationnelles

-Connaissances générales en biologie moléculaire et cellulaire, en génétique et volonté
de compréhension des problématiques biologiques. Savoir de base de biologie végétale
souhaitable.


Savoir-faire :
-Maîtrise d'un outil gestionnaire de version de code (Git) et de pipelines (Nextflow)
-Maîtriser les bonnes pratiques et méthodes d'analyse de données NGS de deuxième et
troisième génération validée par une expérience professionnelle significative
-Maîtriser des langages de programmation , notamment Python, R et Bash
-Des compétences en biostatistiques et statistiques en grande dimension (classification,
réduction de dimension, `) seront un atout



Savoir-être :
-Goût pour le travail en équipe et le partage des connaissances. Autonomie, rigueur et
sens de l'organisation. Esprit d'initiative, curiosité, créativité
-Qualités relationnelles, d'écoute et de communication à l'oral comme à l'écrit (français
et anglais)
-Compétences pédagogiques pour la formation de biologistes expérimentaux et de
bioinformaticiens contractuels

Contexte de travail

Le laboratoire RDP (Reproduction et Développement des Plantes) est une Unité mixte de recherche
multi-tutelles (CNRS, INRAe, ENS de Lyon, UCBL, INRIA) composée de 8 équipes de recherche (~150
personnes). Le laboratoire est situé sur le site Monod de l'ENS de Lyon. Le laboratoire RDP mène
une activité de recherche fondamentale visant à une compréhension multi-échelle (du génome à
l'organisme) et quantitative du développement et de l'évolution des structures reproductives des
plantes.

L'agent travaillera au sein du pôle bioinformatique de l'unité qui est actuellement en
construction. Ce pôle sera dirigé par un chercheur de l'unité et constitué d'un autre
bioinformaticien permanent (IR CNRS). Des réunions régulières seront organisées entre les
personnels du pôle, mais également avec les bioinformatitiens recrutés sur contrat et l'ensemble
des personnels concernés (ITAs, chercheurs, doctorants, postdoctorants) par les projets de
bioinformatique dans les différentes équipes du RDP. L'ingénieur travaillera sur projet en relation
avec toutes les équipes du RDP. La priorisation des projets sera gérée par le responsable d'équipe
en lien avec les bioinformaticiens du pôle.