Missions

Au sein du service commun de Bioinformatique/Bioanalyse du LRSV, sous la responsabilité directe du
Directeur d'Unité, l'ingénieur-e biologiste aura pour mission d'assurer la collecte, la gestion, le
traitement et la sécurisation de données issues de la recherche des équipes de recherche du
laboratoire qui fait appel à de nombreuses approches « omiques » (génomique, transcriptomique,
protéomique, métabolomique).

Activités

ACTIVITES PRINCIPALES :
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données biologiques
- Réaliser le traitement des données
- Organiser la mise en forme, le stockage des données
- Assurer la maintenance des bases de données créées
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Définir les procédures d'assurance qualité et veiller à leur mise en œuvre

ACTIVITES ASSOCIEES :
- Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes
pratiques
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
- Participer à des réseaux professionnels

Compétences

Connaissances :
- Linux, MariaDB ou MySQL
- Création d'interfaces Web pour mise à disposition des données, affichage public (PHP)
- Conception bases de données et maintien des bases existantes

Compétences opérationnelles :
- Écriture de scripts (perl, python)
- Travail sur des outils de plateforme bioinfo (cluster)
- Mise en place d'outils d'analyse pour exploiter les données de ces bases.
- Traitement de séquences génomiques : Hiseq et long-read (PacBio, Nanopore), Hi-C. Assemblage,
annotation structurale et fonctionnelle.
- Traitement de données transcriptomiques : RNAseq, Isoseq, single cell. Expression différentielle
incluant les isoformes.
- Modélisation de réseaux métabolomiques ou d'expression génique.

Compétences comportementales :
- Communication orale et écrite avec les chercheurs et participation à la rédaction des publications
scientifiques

Contexte de travail

Le Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV) comprend environ 120 personnels et héberge
huit équipes de recherche qui s'intéressent à l'étude du développement des plantes, de leur adaptation
à leur environnement biotique et abiotique ainsi qu'au microbiote qui leur est associé. La personne
recrutée renforcera le service bioinformatique-biostatistiques du LRSV actuellement composé de 2 IE
CNRS (bioinformatique et biostatistique) et travaillera dans un environnement scientifique stimulant
en collaboration avec les différents chercheurs du LRSV et la Plateforme de Bioinformatique de
GenoToul (www.genotoul.fr/portfolio_page/bioinformatique/). A court terme, ce service se réorganisera
dans une nouvelle Unité en création en agrégeant des compétences et en développant les capacités de
service aux équipes.