Missions

L'équipe de recherche MAB (Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique) du LIRMM a besoin de renforcer ses capacités en ingénieurs pour maintenir la plate-forme et aider au développement logiciel. L'Ingénieur de Recherche (H/F) sera associé aux projets de recherche de l'équipe et accompagnera le développement, la finalisation et la valorisation des logiciels de bio-informatique développés au LIRMM (méthodes d'inférence de l'évolution, algorithmes pour le traitement des données de séquençage, apprentissage automatique pour l'annotation des génomes). Elle/Il contribuera à l'évolution de la plateforme et sera également impliqué dans l'organisation de formations.

Activités

- Développement logiciels et pipelines: Intervenir dans les phases d'implémentation et conception des algorithmes, d'optimisation du code, de programmation de pipelines (Nextflow, Snakemake, ...), de compilation des logiciels sur différentes architectures, de déploiement de batteries de tests (benchmarks) sur des serveurs de calculs, et d'écriture de documentations. Mettre en place des solutions de parallélisation et/ou de vectorisation de calculs sur des données structurées (arbres, graphes). Encadrer les étudiants et ingénieurs CDD sur ces activités.

- Interfaces: Concevoir et réaliser des interfaces logicielles destinées à la communauté internationale des utilisateurs de la plateforme. Concevoir et implémenter les options pertinentes de la ligne de commande des logiciels, intégrer les logiciels dans des containers (Conda, Docker, Apptainer), et contribuer à la conception des interfaces web de la plateforme pour ces logiciels en collaboration avec un autre ingénieur de l'équipe MAB.

- Formations: L'équipe MAB porte un portfolio de 5 formations CNRS en bio-informatique. Chacune d'entre elles se déroule sur une période de 3 à 5 jours et vise un public de chercheurs et d'ingénieurs issus de la recherche publique et privée (6 à 15 participants par formation). L'IR (H/F) sera impliqué dans ces formations à des degrés divers : aide à la préparation du matériel pédagogique, à l'encadrement des participants, et aux aspects logistiques.

- Accompagnement de projets d'analyse: Participer ou prendre en charge les analyses de données issues de projets collaboratifs (détermination du cahier des charges, de la stratégie d'analyse, implémentation de la solution, exécution des analyses, jusqu'à la rédaction d'un rapport des résultats et leur présentation.

Compétences

- Avoir une expérience de programmation avancée en C/C++ et Python.
- Avoir une compréhension détaillée des approches standard d'optimisation du code (inlining, utilisation d'intrinsèques pour la vectorisation, etc.) et des options de compilation adaptées à différentes architectures de calcul.
- Savoir gérer et organiser des projets logiciels collaboratifs de taille importante, impliquant plusieurs autres chercheurs et ingénieurs à travers des plateformes telles que GitLab ou GitHub.
- Maîtriser les technologies de développement logiciel : gestion des versions (git), suivi des bugs, tests unitaires, analyse de code, intégration continue, déploiement automatisé.
- Être familier des outils de gestion des files d'attente de requêtes de type SLURM et/ou SGE, et des techniques de parallélisme léger (multithreading via pthread par exemple).
- Des notions avancées dans le domaine de l'analyse de données à partir des langages Python et/ou R sont également souhaitables.
- Des connaissances en bio-informatique, ainsi qu'en biologie et génomique sont vivement souhaitées.
- Bonne expression écrite et orale en anglais.

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier est une unité mixte de recherche CNRS/Université de Montpellier constituée de plus de 410 personnes dont 192 permanents. Il est organisé en 3 départements de recherche : Informatique, Robotique, Micro-électronique et en services centralisés dont le Service d'Appui à la Recherche (SAR, 16 ingénieurs) qui apporte un soutien technique aux projets de recherche et gère les plateformes technologiques du laboratoire. L'ingénieur (H/F) intégrera le service d'appui à la recherche du LIRMM et apportera un support aux chercheurs du département informatique. Les thématiques du département Informatique couvrent un large spectre qui s'étend des fondements de la science informatique (algorithmique, calcul, fouille de données, sciences du logiciel, intelligence artificielle) aux recherches à l'interface avec d'autres disciplines (environnement, santé, vivant). Ce département regroupe 106 permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs) et 71 doctorants répartis en 15 équipes. La personne recrutée viendra plus particulièrement renforcer l'équipe MAB.
Cette fonction ouvre droit à la perception de l'Indemnité de Référence pour les Informaticiens (IRI).
Le poste sur lequel vous candidatez se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST) et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR).