Missions

Au sein du Service BioInformatique et BioStatistique (BIBS) du Centre International de Recherche en
Infectiologie (CIRI), l'ingenieur-e biologiste en traitement de données contribuera aux activités
du service en réalisant des analyses bio-informatiques en collaboration avec les équipes de
recherche du CIRI sur les thématiques d'immunologie, virologie et bactériologie.

Activités

1)Réaliser des analyses de données en bioinformatique au sein du Centre:
-Participer à des projets scientifiques, en analysant principalement des données omiques ou
multi-omiques (single cell scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq, DNA-Seq, ChIP-Seq...) en collaboration avec
les équipes de recherche du centre : des données brutes jusqu'à la restitution et
l'interprétation des résultats en passant par le traitement bioinformatique approprié.
-Effectuer la veille technologique du domaine, le développement et l'entretien des workflows
d'analyse.

2)Participer au développement de la bioinformatique au sein du Centre:
-Participer aux activités de formation à destination des biologistes, ou des bioinformaticiens
et bioinformaticiennes, aux nouveaux outils, en partenariat avec des services similaires
d'autres centres de recherche afin de permettre la montée en compétences du personnel du Centre.
-Conseiller les biologistes et bioinformaticiens et bioinformaticiennes du Centre, notamment au
cours de la permanence hebdomadaire du service.

Compétences

Connaissances:
-Expertise principale en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine
connexe.
-Expérience exigée dans l'analyse de données de séquençage à haut débit.
-Expérience souhaitée dans l'analyse de données de transcriptomique ou multi-omics.
-Connaissances appréciées dans le domaine de la biostatistique.
-Connaissances appréciées dans le domaine de l'immunologie et de l'infectiologie.

Savoir-faire:
-Maîtrise de l'environnement Unix/Linux, et d'un ou plusieurs langages de programmation (R,
Python...).
-Maîtrise d'outils classiques dans l'analyse de données omics (analyse qualité, nettoyage des
données, alignement, quantification, visualisation).
-Maîtrise des outils de versionning (git).
-Connaissance d'un outil de gestion de workflow (nextflow).
-Connaissance dans l'utilisation d`un cluster de calcul (slurm).
-Capacité à assurer la traçabilité des projets afin qu'ils puissent être suivis et/ou repris
avec efficacité et sans perte d'information.
-Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques.
-Aisance dans l'expression orale et écrite.
-Maîtrise de l'anglais technique du domaine, capacité à participer à des réunions et rédiger des
documents techniques dans cette langue.

Savoirs-être:
-Bonnes capacités relationnelles, d'écoute, de communication et de pédagogie.
-Aptitude pour le travail en équipe dans un environnement multidisciplinaire, en interaction
avec des biologistes et des bio-informaticiens
-Sens de l'organisation permettant la gestion de projets avec de grandes quantités de données.
-Sensibilité à la qualité et la lisibilité des résultats pour les non spécialistes de la bio-
informatique.
-Autonomie, rigueur, curiosité.

Contexte de travail

Le CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, est une unité mixte de recherche
multi-tutelles (INSERM, CNRS, Université Lyon 1, ENS de Lyon) qui comprend 26 équipes de
recherche avec plus de 400 personnes réparties sur différents sites (Gerland Franklin, ENS de
Lyon et Tour Cervi, Croix-Rousse, Laennec, Lyon-Sud, St Etienne) et dans trois spécialités :
Virologie, Bactériologie, Immunologie. L'ensemble des équipes utilise des données issues de
technologies à très haut débit et les besoins en bioinformatique et en analyse de données sont
de plus en plus grands et divers notamment avec les perspectives qu'offrent le développement
actuel de l'Intelligence Artificielle.
L'ingénieur-e d'études intégrera le service de BioInformatique et BioStatistique (BIBS) établi
depuis 2015 sur le site de Gerland (Bâtiment Franklin) et actuellement composé de trois membres
permanents : une Ingénieure de Recherche en bioinformatique qui coordonne le service, un
Ingénieur d'Études en Biostatistique et un Maître de Conférence Universitaire en Biologie.
Il/Elle sera sous la responsabilité de la coordinatrice du service et bénéficiera d'un
environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l'expertise de l'équipe et d'un
accès aux moyens de calculs nécessaires (cluster de calculs, machines virtuelles). En fonction
des projets de recherche, il/elle pourra se former en interne ou en externe sur de nouvelles
techniques et thématiques d'analyses, tout en s'appuyant sur ses expériences précédentes.

Contrainte particulière de travail : Après 6 mois d'ancienneté sur le poste, une partie des
activités pourra être réalisée en télétravail (jusqu'à 2 jours par semaine). Elle sera à définir
avec le responsable de structure et sous réserve de respecter la réglementation en vigueur au
CNRS