Missions

L'ingénieur-e d'études en techniques biologiques sera responsable opérationnel de la plateforme
technologique RibosOMICS émergente au sein du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL- UMR 5286
CNRS - U1052 Inserm- UCBL-CLB).
Ses missions seront de concevoir et mettre en place diverses approches méthodologiques pour le développement
de techniques d'analyses hauts-débits innovantes permettant d'étudier le ribosome, notamment sa composition
(Epitranscriptomique de l'ARNr), et son activité traductionnelle (Translatomique) dans différents modèles
(physiologiques et pathologiques).

Activités

**Activités expérimentales**
-Choisir, adapter et mettre en œuvre les techniques d'extraction d'ARN et d'analyses du traductome (à
l'échelle d'une population cellulaire entière ou de la cellule unique), proposées par la plateforme dans
le cadre de projets scientifiques des équipes du CRCL ou extérieures avec des laboratoires académiques
locaux, nationaux et internationaux.
-Etablir et rédiger des protocoles pour des analyses hauts-débits afin d'étudier la reprogrammation
traductionnelle la biogénèse du ribosome et son activité traductionnelle.
-Établir et rédiger les protocoles standardisés.
-Gérer le circuit des échantillons et des données obtenues, en lien avec les plateformes de Génomique
des cancers et de Bioinformatique du CRCL
-Exploiter et présenter les résultats des analyses à l'aide des pipelines développés par la plateforme de
Bioinformatique Gilles Thomas du CRCL.
-Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales,
rapports, publications.
-Animer l'activité et prendre part aux réunions en collaboration avec le responsable scientifique de la
plateforme.
**Activités de gestion de la plateforme**
-Être le lien entre la plateforme et les demandeurs.
-Gérer et organiser les moyens techniques et budgétaires des projets collaboratifs.
-Conduire l'appareillage dédié et en assurer le fonctionnement.
-Mettre en place et animer le management des projets (documents administratifs, échantillons,
résultats), avec les différentes plateformes impliquées.
-Participer à la gestion des stocks et commandes de réactifs et de milieux spécifiques dans un système
qualité
-Encadrer et former les personnels venant renforcer la plateforme.
-Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité.

Compétences

Connaissances :
-Connaissances approfondies des techniques de biologie moléculaire, culture cellulaire et de biochimie,
en particulier des techniques de génération de lignées stables, de purification de polysomes et de
ribosomes.
-Connaissances en bioinformatiques (R) afin de réaliser les analyses préliminaires à l'aide des outils
développés par la plateforme de bioinformatique Gilles Thomas.
-Une expérience dans les domaines du séquençage génomique sera un réel avantage (plateforme Illumina,
méthode de génération de librairie sur petit fragment d'ARN).
-Règlementation en matière d'hygiène et sécurité.
-Notions dans le domaine du cadre légal et de la déontologique des consentements réglementaires
concernant l'utilisation d'échantillons humains.
-Outils de base de l'informatique.
-Langue anglaise niveau B1 à B2.

Savoir faire opérationnel:
-Mettre en œuvre des techniques de biologie moléculaire, cellulaire et biochimie.
-Concevoir et adapter des protocoles expérimentaux.
-Utiliser des appareillages spécifiques (connaissance approfondie) et assurer le suivi de leur
maintenance.
-Assurer la gestion des stocks.
-Utilisation des logiciels de bureautique (word, powerpoint, excel).
-Gérer les relations avec des interlocuteurs.
-Rédaction de protocoles et de documents de synthèse.
-Mettre en place des méthodes et des outils de suivi de projet.
-Gestion administrative

Savoir être :
-Excellentes capacités d'organisation, rigueur, sens de l'innovation.
-Respect de la confidentialité des informations médicales et scientifiques.
-Capacité à travailler en autonomie au sein d'une plateforme technologique et en lien étroit avec les
chercheurs des différentes équipes de recherche et des autres plateformes.
-Très bonnes qualités relationnelles.
-Capacité à former et encadrer du personnel technique

Contexte de travail

Depuis quelques années, l'équipe Ribosome, Traduction et Cancer du CRCL a contribué aux développements
d'approches haut-débit et à la mise au point de différents protocoles innovants permettant d'étudier la
reprogrammation traductionnelle, la composition et l'activité traductionnelle du ribosome dans différents
contextes physio-pathologiques.
La plateforme technologique RibosOMICS issue des travaux de cette équipe, est en train de se constituer,
sous la coordination scientifique de 2 de ses chercheurs, afin de proposer à la communauté scientifique
les technologies permettant d'étudier le ribosome, notamment sa composition (Epitranscriptomique de
l'ARNr), et son activité traductionnelle (Translatomique) dans différents modèles (physiologiques et
pathologiques) sur tissus, culture cellulaire ou à l'échelle de la cellule unique.
Les modèles sont développés en collaboration avec les équipes de recherche du CRCL, avec l'objectif
d'élaborer des modèles innovants et essentiels dans la recherche mécanistique ainsi que translationnelle
en oncologie. Ces activités, intégrées à la plateforme RibosOMICS, sont réalisées en étroite
collaboration avec les autres plateformes du centre, comme la plateforme de gestion des échantillons
biologiques, qui a pour mission d'organiser la mise à disposition de tissus tumoraux frais pour les
équipes de recherche du CRCL, la plateforme de Génomique des Cancers, qui réalisent les étapes de
séquençage de l'ARN extrait par RibosOMICS et la plateforme de Bioinformatique qui a mis au point
plusieurs pipelines d'analyses spécifiques de ces séquences. Sous la responsabilité hiérarchique de la
directrice scientifique de la plateforme, l'ingénieur.e d'études aura la mission de concevoir et
participer au développement de ces techniques innovantes multi-omiques, permettant d'analyser
l'épitranscriptomique de l'ARNr et le translatome.