Missions

La mission principale de l'Ingénieur(e) de Recherche sera de mener et superviser des projets
d'ingénierie logicielle dans le cadre des recherches scientifiques menées au sein du laboratoire.
Il/Elle participera au développement, à l'amélioration et à la maintenance de méthodes
computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques à l'échelle moléculaire, incluant des codes
informatiques émergents d'intelligence artificielle.
Il/Elle aura en charge de développer et d'animer les activités portant sur la modélisation
biomoléculaire au sein du « Biocomputing Hub », structure transversale fédérant les activités
computationnelles développées au sein du LBMC. L'ingénieur(e) accompagnera les chercheurs afin
d'assurer la transmission et l'appropriation de nouvelles compétences au sein des équipes en lien avec
les activités du pôle.

Activités

Soutien scientifique:

- Développement de nouvelles méthodes de calculs scientifiques,
Prédiction de structures (macro)moléculaires par IA, modélisation moléculaire, conception de
molécules,
- Développement de pipelines de traitement et d'analyse de données moléculaires,
- Participer à l'activité du réseau (bio)informatique local et national en mettant à
disposition les outils et interfaces générées et en participant à des formations.
- Participer à des co-encadrements d'étudiants sur des projets de recherche.
- Accompagner les équipes de recherche : conseils méthodologiques, assistance, formation, aide
à la rédaction d'articles ou de demandes de financement.
- Veille bibliographique sur les techniques de modélisation biomoléculaires

Implication dans des actions de formation :

- Assurer le support technique et la formation aux outils développés
- Former et superviser les utilisateurs à l'utilisation des outils de simulation et d'IA pour
la modélisation moléculaire,
- Former les utilisateurs à l'utilisation des moyens de calculs distribués (Mésocentre CBPsmn,
supercalculateurs nationaux),
- Former les utilisateurs aux pratiques de travail FAIR.
- Former les (bio)informaticiens du laboratoire aux bonnes pratiques en ingénierie logicielle.

Soutien technique:

- Optimisation de méthodes existantes,
- Développement logiciel et maintenance de code,
- Interfaçage avec les supercalculateurs nationaux,
- Mise en place de plans de gestion de données.

Compétences

Savoirs:

- Développement de logiciel et calcul scientifique,
- Connaissances en biologie et bioinformatique structurale appréciées,
- Connaissances en Intelligence Artificielle appréciées,
- Connaissances des approches de modélisation moléculaire physico-chimiques appréciées.
- Le candidat aura la possibilité de se former aux outils de simulations numériques et d'IA
pour la modélisation biomoléculaire afin d'acquérir ou d'améliorer ses compétences dans le domaine.

Savoir-faire:

- Maîtrise de l'environnement Unix/Linux, et de plusieurs langages de programmation (python,
C++, Rust),
- Connaissance des librairies Numpy, Pytorch/TensorFlow, CUDA, MPI,
- Maîtrise des outils de gestion de version (git), portabilité de code (Docker, Singularity),
- Expérience dans le calcul haute performance (slurm),
- Maîtrise des outils de vérification d'intégrité de code et déploiement continu (CI/CD),
- Capacité à assurer la traçabilité des projets (FAIR),
- Aisance dans l'expression orale et écrite,
- Maîtrise de l'anglais technique du domaine.

Savoir-Être:

- Esprit de collaboration avec des non-spécialistes,
- Capacité à coopérer et à partager les informations,
- Bonnes capacités relationnelles, d'écoute, de communication et de pédagogie,
- Appétence pour l'intégration de nouvelles technologies,
- Autonomie, rigueur, curiosité, prise d'initiative, force de proposition
- Aptitude au travail en équipe dans un environnement multidisciplinaire en biologie
- Dialoguer avec les différentes équipes de recherche sur leurs besoins.

Contexte de travail

Le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (UMR5239) (CNRS-ENS-INSERM-UCBL) [1], situé
à l'École Normale Supérieure de Lyon, compte 115 membres répartis en 17 équipes de recherche.

Le LBMC est spécialisé dans l'étude des mécanismes moléculaires fondamentaux des cellules en
couplant des approches de biologie quantitative et de modélisation mathématique et/ou physico-
chimique des processus biologiques. L'ingénieur intégrera l'équipe DAMM, créée en 2023, qui étudie
les machines et assemblages moléculaires à différentes échelles par des approches computationnelles
[2] et sera sous l'autorité hiérarchique du co-responsable de l'équipe DAMN. Les techniques
utilisées dans l'équipe incluent la prédiction de structure et la conception de protéine par deep
learning, la biologie structurale intégrative, la bio-informatique, et la simulation par dynamique
moléculaire.

L'ingénieur(e) renforcera également la capacité des équipes du LBMC à pouvoir mener des projets
intégrant de la modélisation moléculaire par sa participation au bioHub, structure transversale en
bio-informatique et calcul du LBMC à laquelle participe une dizaine d'agents du laboratoire [3]

[1] https://www.ens-lyon.fr/LBMC
[2] https://www.ens-lyon.fr/LBMC/equipes/dynamics-and-control-of-biological-assemblies-and-
macromolecular-machines
[3] https://www.ens-lyon.fr/LBMC/pole-bioinformatique