Missions

Le/la technicien.ne biologiste assurera la réalisation et la validation de clonages ADN de nouvelle
génération (clonages GoldenGate, Modular Cloning, Gibson, Gateway, construction de banques) pour
accompagner les projets de biologie synthétique microbienne au sein de l'équipe « Stratégies
Infectieuses des Xanthomonas » (SIX) du LIPME sous la responsabilité du responsable d'équipe. Il/elle
renouvellera et développera les savoir-faire et l'expertise de l'unité en génétique moléculaire
microbienne.

Activités

ACTIVITÉS PRINCIPALES :
- Réaliser le clonage de banques combinatoires de gènes par des techniques de biologie
synthétique pertinentes (GoldenGate cloning, Modular Cloning, Gibson cloning)
- Valider les clonages par diverses techniques dont le séquençage long-read
- Cloner des gènes en modules fonctionnels
- Valider l'expression de gènes
- Conduire des mutagenèses dirigées simples et multiples chez les bactéries par édition
génomique

ACTIVITÉS ASSOCIÉES :
- Accompagner des étudiants dans la réalisation d'expériences en biologie moléculaire et
microbiologie

Compétences

- Connaissances théoriques sur les diverses techniques de clonage ADN
- Validation in silico de stratégies de clonages par une ou plusieurs des techniques Gibson,
GoldenGate, MoClo, Gateway
- Utilisation des logiciels de conception, de gestion et d'analyse de clonage
- Réalisation de clonages par les techniques Gibson, GoldenGate, MoClo, Gateway
- Maîtrise des techniques classiques de biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR, Q-PCR)
- Maîtrise des techniques microbiologiques de base (transformation, conjugaison, purification,
culture, sélection, dénombrement...)
- Savoir lire et comprendre une documentation technique
- Sens du relationnel, goût du travail en équipe et de l'interaction avec les collaborateurs
- Rendre compte de ses activités
- Anglais niveau B1 apprécié (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Réactivité, dynamisme et rigueur

Contexte de travail

Le/la technicien.ne biologiste travaillera au sein de l'équipe « stratégies infectieuses des
Xanthomonas » (SIX) du LIPME. Le LIPME est un laboratoire mixte CNRS/INRAE de 150 personnes proche
de Toulouse dont l'objectif est de décrypter les mécanismes moléculaires et évolutifs modulant les
interactions entre les plantes, les microbes et leur environnement. Le recrutement s'opère pour
renforcer et renouveler les compétences en biologie moléculaire et accompagner l'émergence de
nouveaux projets de recherche.

L'équipe SIX est composée de 5 chercheurs, 1 ingénieur de recherche et 1 assistante ingénieure ainsi
que plusieurs doctorants et contractuels. Nos recherches s'intéressent aux mécanismes moléculaires à
l'œuvre entre les bactéries pathogènes Xanthomonas et leurs plantes hôtes.

La personne recrutée apportera son expérience en biologie synthétique pour reconstruire un pathogène
et comprendre les bases génétiques de la pathogénie des Xanthomonas. Le projet se concentrera sur
les effecteurs de type III, collectivement essentiels à la pathogénie, qui seront ré-introduits en
combinatoire dans une souche dépourvue des gènes correspondants. Cette approche identifiera les
déterminants majeurs de la pathogénie et de la spécificité d'hôte et permettra de mieux comprendre
les mécanismes d'émergence chez les bactéries phytopathogènes.

Au-delà de l'équipe SIX, la personne recrutée partagera son expertise (protocoles de clonage,
manipulation des outils de clonage in silico, accompagnement des utilisateurs) avec les équipes du
LIPME souhaitant développer des approches de microbiologie moléculaire/biologie synthétique pour
valider leurs résultats issus de la génomique comparative, de l'évolution expérimentale ou de la
modélisation. L'agent recruté bénéficiera des développements méthodologiques conduits au sein du
service d'ingénierie des génomes du LIPME en biologie moléculaire et de microbiologie.