Missions

L'ingénieur-e biologiste en analyse de données aura pour mission principale de développer et de
maintenir l'environnement informatique de la ligne de lumière FIP2 opérée par l'IBS (Institut de
Biologie Structurale) à l'ESRF (European Synchrotron Radiation Facility) afin d'enregistrer et
d'analyser tous les types de données expérimentales enregistrées sur la ligne, essentiellement de
diffraction mais aussi de spectroscopie optique, à température cryogénique mais surtout à température
ambiante pour des expériences résolues en temps renseignant sur la dynamique des protéines. Enfin,
il/elle implémentera sur la ligne des méthodes d'analyse de données basées sur l'intelligence
artificielle.

Activités

Recueil des données expérimentales
- Développer, adapter et mettre à jour les logiciels de contrôle d'une ligne de cristallographie
macromoléculaire MXCuBE commun à la plupart des synchrotrons européens, et la sous-couche logicielle
de contrôle des moteurs BLISS commune à toutes les lignes de l'ESRF. Certains développements
spécifiques à la ligne seront mis à disposition de la communauté des développeurs
- Intégrer dans l'architecture de la ligne des nouveaux instruments répondant à l'évolution des
besoins de la communauté d'utilisateurs (haute pression, microfluidique, expériences résolues en
temps)

Analyse et archivage des données expérimentales
- Assurer le bon déroulement de l'enregistrement des données et des métadonnées pour leur mise à
disposition auprès des utilisateurs et du public suivant le principe FAIR (Findability,
Accessibility, Interoperability and Reusability) adopté par l'ESRF à travers la base de données
ISPyB accessible via l'outil web EXI, qui assure également la traçabilité de chaque échantillon reçu
puis mesuré. L'ensemble rentre dans la démarche qualité de l'instrument

Développements de méthodes basées sur l'intelligence artificielle
- Mettre à disposition des utilisateurs de la ligne et développer des outils d'analyse de données de
diffraction à température ambiante, éventuellement résolues en temps, potentiellement basées sur
l'intelligence artificielle, en assurant l'interfaçage avec ISPyB
- Utiliser les méthodes basées sur l'intelligence artificielle pour rendre l'alignement du faisceau
de rayons X tout au long de la ligne optique, et l'enregistrement des données de diffraction
classique (montage échantillon, centrage par reconnaissance d'image, stratégie d'enregistrement des
données), indépendants de l'intervention humaine

Assurer une veille technologique
Assurer le développement et le maintien des sites web à l'ISBG, l'IBS et l'ESRF permettant de
promouvoir l'utilisation de la ligne

Compétences

Savoirs :
- Expertise dans le recueil, l'analyse et le traitement de données de cristallographie aux rayons X.
- Maitrise en langages de programmation (Python, C++), bases de l'instrumentation scientifique
- Expertise en méthodologie de conduite de projet
- Anglais technique, professionnel, niveau C1 minimum (cadre européen commun de référence pour les
langues)

Savoir-faire :
- Connaissances approfondies de l'utilisation des logiciels de cristallographie (XDS, CCP4, Phenix),
programmation de logiciel de contrôle d'instrument (interfaçage réseau, connaissance des protocoles
de communication avec les différentes composantes de ligne)
- Aisance verbale pour la rédaction de documents techniques et la diffusion du savoir-faire de la
ligne lors de présentations orales à des conférences

Savoir-être :
- Capacité de conceptualisation
- Capacité de décision
- Esprit d'équipe et bon relationnel
-Forte capacité de collaboration avec les autres membres de l'équipe aux compétences complémentaires
(échange et partage d'informations) et avec les utilisateurs (recueil de leurs besoins en termes de
données expérimentales pour les conseiller au mieux dans la démarche expérimentale puis lors de
l'analyse des résultats)

Contexte de travail

L'Integrated Structural Biology Grenoble (ISBG https://www.isbg.fr/) est une unité d'appui et de
recherche (CNRS, CEA, UGA et EMBL) située sur le polygone scientifique de Grenoble, assurant la
gestion des 10 plateformes de l'Institut de Biologie Structurale (IBS https://www.ibs.fr/), lui-même
acteur d'envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée,
un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux.

La FIP2 (ligne de lumière française pour l'Investigation des Protéines) est située sur une section
BM07 de l'ESRF. Elle est une ligne de lumière dédiée à la cristallographie macromoléculaire.
Construite pour faciliter la détermination des structures de novo, la ligne a constamment été à
l'avant-garde des développements technologiques en matière d'automatisation basés sur l'utilisation
de la robotique, notamment pour la diffraction in situ.

Il /elle intègrera le groupe Synchrotron (GSY) de l'IBS auquel est adossé la plateforme FIP2. Ce
groupe est localisé sur 2 sites (IBS et ESRF) et est composé de 11 personnes titulaires ou
contractuelles (chercheur, enseignant-chercheur, doctorant, ingénieur). Il/elle sera placé-e sous la
responsabilité hiérarchique du directeur de l'ISBG et sous la responsabilité fonctionnelle et
scientifique du responsable de la plateforme FIP2.

Il/elle travaillera en horaire de journée en semaine (du lundi au vendredi) et pourra être amené-e à
intervenir exceptionnellement le week-end (astreintes qui feront l'objet d'une compensation sous
forme indemnitaire ou de temps de repos) ou à effectuer des déplacements professionnels.
L'exercice d'une partie de l'activité en télétravail sera autorisé, à hauteur d'une journée maximum
par semaine, en entente avec les membres du groupe et selon les nécessités de service de la ligne.

Des formations pourront être proposées à la prise de fonction afin de compléter ses connaissances.