Missions

L'ingénieur d'études H/F contribuera au fonctionnement du service d'analyse d'images MRI-CIA. Il/elle participera à la création d'outils automatisés d'analyse d'images. Il/elle guidera et conseillera les utilisateurs de la plateforme en matière d'analyse d'images et promouvra l'utilisation des meilleures pratiques en matière d'analyse d'images biologiques. Il/elle participera activement aux actions de formation des biologistes.

Activités

-Concevoir et mettre en œuvre des outils d'analyse et de traitement automatisés d'images en utilisant en particulier les logiciels ImageJ/Fiji, ainsi que d'autres plateformes, et les langages java et python principalement
-Mettre en place des workflows avancés, incluant par exemple de la segmentation d'images, de la quantification de la distribution de protéines intracellulaires, de la reconnaissance de formes ou encore du suivi dynamique de particules
-Intégrer des méthodes d'apprentissage profond dans les workflows d'analyse d'images, y former les utilisateurs
-En collaboration avec les scientifiques utilisateurs du service, concevoir et mettre en œuvre des algorithmes permettant de résoudre des problèmes de traitement d'images à partir d'ensembles de données multidimensionnelles de microscopie à fluorescence et électronique.
-Former les scientifiques à l'utilisation des outils développés. Réaliser des tutoriels pédagogiques
-Répertorier, maintenir et promouvoir les outils/algorithmes déjà existants
-Contribuer à la formation théorique et pratique à l'analyse d'images de la communauté scientifique (dans le cadre des ateliers technologiques BioCampus en particulier)
-Participer à la vie du groupe d'analyse d'images de la plateforme MRI composé des ingénieurs du service MRI-CIA et de certains ingénieurs des plateaux de microscopie
-Participer au niveau national au hub France BioImaging d'analyse d'images.
-Définir les procédures d'assurance qualité et veiller à leur mise en œuvre
-Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques de traitement et d'analyse d'images
-Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
Participer à des réseaux professionnels nationaux et internationaux

Compétences

1- Connaissances :
- Connaissance des méthodes et outils d'analyse d'images biologiques.
- Connaissance de l'apprentissage automatique et de l'apprentissage profond
- Solide formation en programmation et génie logiciel.
- Connaissances de base en biologie
- Compétences en communication en français et en anglais.

2- Compétences opérationnelles/savoir-faire :
- Concevoir, mettre en œuvre, tester et documenter les outils d'analyse d'images
- Écrire des logiciels/greffons en python et en java
- Adapter les outils proposés aux thématiques variées de biologistes
- Concevoir des documents pédagogiques
- Capacité à travailler en interaction avec des biologistes travaillant sur des thématiques variées
- Travailler en équipe et au sein d'une plateforme multisites
- Savoir gérer son activité dans un calendrier et un cadre complexe

3- Compétences comportementales/savoir-être :
- Sens du service
- Sens relationnel
- Sens de l'organisation
- Capacité d'adaptation
- Réactivité
- Rigueur/fiabilité
- Sens de l'initiative
- Autonomie/Confiance en soi

Contexte de travail

BioCampus Montpellier - CNRS UAR3426 - INSERM US09 - UM regroupe 19 plateformes technologiques au service des laboratoires des Pôles Biologie-Santé et Agriculture/Environnement/Biodiversité de Montpellier et ses environs. Plus de 290 agents, affectés ou non à Biocampus Montpellier, travaillent sur ces plateformes.

Montpellier Ressources Imagerie (MRI) est une plate-forme technologique multi-sites de Biocampus, labellisée IBiSA, membre de l'infrastructure nationale France BioImaging, elle est certifiée ISO 9001 - NFX50-900. MRI (www.mri.cnrs.fr) propose une offre en imagerie au sens large (Microscopies optique et électronique, Cytométrie, Criblage, microtomographie Rayons X) et en analyse d'images. Elle est utilisée annuellement par environ 910 personnes qui produisent une grande quantité d'images. Son service d'analyse d'images MRI-CIA est localisé sur le campus CNRS Route de Mende et est sollicité par les équipes de recherche académique en biologie santé et végétale ou du secteur privé réparties sur tout le territoire montpelliérain. Le service MRI-CIA analyse tout type d'images contenant de l'information biologique. Cela englobe les images produites sur les équipements de MRI ou la plateforme d'imagerie du petit animal (IPAM) de l'UAR BioCampus ou tout autre image biologique produite sur des équipements extérieurs à ces plateformes.

Le service est actuellement constitué d'un ingénieur de recherche titulaire et d'un ingénieur d'étude contractuel. L'agent (H/F) retenu sera placé sous la responsabilité de l'ingénieur de recherche. L'activité des ingénieurs du service s'insère dans les réseaux nationaux (France BioImaging) et internationaux (ex. NeuBias).