Missions

L'ingénieur-e a pour mission de mettre en œuvre les approches métabolomiques et protéomiques par
spectrométrie de masse afin de réaliser le phénotypage moléculaire des souches de bactéries, levures
et microalgues générées par l'unité.

Activités

- Choisir, adapter et développer, si nécessaire, les méthodes d'analyse métabolomiques et
protéomiques en fonction des objectifs des projets
- Conseiller les utilisateurs
- Mettre en œuvre expérimentalement la préparation des échantillons et réaliser les analyses MS
(métabolomiques et protéomiques)
- Traiter les données (analyser, interpréter et valider les résultats) et en garantir le suivi et la
qualité
- Assurer le suivi métrologique des équipements du service
- Gérer et organiser les moyens techniques et les stocks de réactifs et consommables
- Assurer un reporting régulier des projets et communiquer les résultats sous forme de rapports
d'analyse et documents scientifiques
- Assurer une veille scientifique et technologique dans ces domaines d'activité
- Appliquer et faire appliquer les règles d'hygiène et de sécurité
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et
de publications
- Participer aux tâches collectives au sein de l'équipe ainsi qu'à la formation des stagiaires

Compétences

Savoirs
- Connaissance approfondie :
-- de la chromatographie liquide haute performance et de son couplage avec la spectrométrie de masse
en tandem (ESI-MS/MS)
-- des méthodes de préparation et d'analyse (ciblée et non ciblée) par ESI-MS/MS des échantillons de
type métabolites/petites molécules
-- des méthodes et outils relatifs aux traitements bio-informatiques et statistiques des données
métabolomiques
- Méthodes de préparation des échantillons protéiques et de leur analyse par approches protéomiques
bottom-up
- Méthodes et outils relatifs aux traitements bio-informatiques et statistiques des données
protéomiques de type données dépendantes (DDA) et indépendantes (DIA)
- Notions en spectrométrie de masse MALDI-TOF

Savoir-faire
- Maîtrise pratique des méthodes de préparation des échantillons (métabolites/petites molécules
et/ou protéines) en vue de leur analyse par ESI-MS/MS
- Maîtrise technique de la spectrométrie de masse haute résolution couplée à la chromatographie
liquide (HPLC/UHPLC)
- Concevoir et optimiser des expériences d'analyse MS en mode données dépendantes (DDA) et
indépendantes (DIA)
- Maîtrise pratique des méthodes et logiciels bio-informatiques relatifs à l'analyse quantitative et
structurale des petites molécules et métabolites par MS (bases de données, réseaux moléculaires)
- Maîtrise pratique des méthodes et logiciels relatifs au traitement statistique des jeux de données
en métabolomique
- Expérience pratique des méthodes et logiciels bio-informatiques relatifs à l'analyse quantitative
des données protéomiques
- Une expérience en programmation serait un plus
- Capacité à mettre en œuvre les règles d'hygiène et sécurité
- Savoir informer et rendre compte
- Maîtrise (oral/écrit) de l'Anglais (niveau B2, cadre européen)

Savoir-être
- Sens de l'organisation
- Rigueur et fiabilité
- Aisance relationnelle
- Curiosité intellectuelle
- Aptitude à se former
- Bonnes qualités rédactionnelles

Contexte de travail

La Biofonderie de l'Alliance Sorbonne Université (BFASU) est organisée autour de trois grandes
plateformes : 1/ la DNA foundry (clonages et séquençage automatisés à haut débit, installation sept-
nov 2024), 2/ la Microbe foundry (plateforme automatisée d'ingénierie et de phénotypage de
microorganismes) et 3/ la plateforme de spectrométrie de masse (protéomique et métabolomique,
installation en octobre 2024).
Afin de pouvoir assurer le service aux utilisateurs et partenaires, la plateforme de spectrométrie
de masse joue un rôle central pour les analyses protéomiques et métabolomiques des souches créées à
haut débit par la DNA Foundry et la Microbe Foundry. Cette activité en spectrométrie de masse est
essentielle pour les partenariats avec les industriels pour lesquels la majorité des projets
concerne l'ingénierie métabolique de différents microorganismes pour la production de molécules
d'intérêt industriel. La caractérisation des nombreuses souches produites nécessitera des analyses
systémiques des protéines et métabolites par spectrométrie de masse.

L'ingénieur-e sera placé(e) sous la responsabilité scientifique et hiérarchique d'un IRHC CNRS,
expert en spectrométrie de masse.