Missions

Le/La responsable du pôle de bio-informatique de l'unité assure le développement et l'automatisation
des workflows d'analyse de données omiques, la structuration des bases de données et des systèmes
d'information, ainsi que l'implémentation et le développement des programmes informatiques associés
aux plateformes automatisées de l'unité.

Activités

Missions principales :

- Concevoir des workflows automatisés pour l'analyse de données ou le pilotage d'instruments
- Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d'information
permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données.
- Guider le déploiement de l'infrastructure informatique des plateformes de la BFASU.

Missions secondaires :

- Définir le plan d'étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé.
- Analyser des données de génomique (séquençage), protéomique et métabolomique (MS).
- Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de
présentations orales auprès des communautés professionnelles et scientifiques
- Gérer l'ensemble des moyens techniques alloués aux dispositifs de collecte et de traitement
de données.
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de
l'analyse des données biologiques.
- Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en œuvre des méthodes d'études et
d'interprétation des résultats.

Compétences

Connaissances transversales requises :

- Connaissance théorique des différents types de protocoles expérimentaux biologiques.
- Connaissance approfondie des méthodes de recueil, d'analyse et de traitement des données.
- Connaissance solide en informatique : maîtrise des systèmes UNIX/LINUX, clusters de calculs,
maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation, dont obligatoirement Python (Bash, C++, R,
JavaScript, HTML, PHP, Java, PERL), maîtrise de la gestion des bases de données SQL et interfaces
web (Apache, Django). Maîtrise de logiciels de gestion de version (Git, GitLab).
- Maîtrise des problématiques liées aux Big Data

Savoir-faire :

- Maîtrise des techniques principales d'analyse statistique de données scientifiques
(paramétrique/non-paramétrique/bayésien)
- Savoir développer des outils de traitements automatisés de données biologiques pour les
appliquer à des technologies de recherche en biologie

Savoir être :

- Aptitude à s'inscrire dans des projets collectifs et goût du travail en équipe
- Capacité d'innovation et de créativité, d'initiative et autonomie dans le travail
- Rigueur, organisation, méthode

Contexte de travail

L'unité Mixte de Service Biofonderie de l'Alliance Sorbonne Université (BFASU), sous la tutelle de
Sorbonne Université, de l'Université de Technologie de Compiègne et du CNRS (UAR2037), créée fin
2023, a pour mission de mettre en place une offre de services technologiques, de partenariats et de
formation de haut niveau en bio-ingénierie à destination des formations universitaires, des
laboratoires académiques et des entreprises du secteur, avec l'ambition affichée de structurer la
filière de l'ingénierie du vivant depuis son niveau fondamental jusqu'à ses applications
technologiques.
La BFASU est la première biofonderie académique en France, une plateforme robotisée de biologie de
synthèse. Cette infrastructure d'excellence donne accès aux technologies de pointe nécessaires pour
accélérer la recherche fondamentale, la recherche appliquée et translationnelle, le développement
industriel et l'innovation. Cette unité multi-tutelles développe des activités partenariales
académiques et industrielles, favorise l'émergence de projets d'innovation ainsi que la
prématuration et la maturation de startups. Elle développe également des activités de valorisation,
de marketing et anime un réseau de partenaires.

L'unité est constituée d'équipes d'ingénieurs et de chercheurs (4 IE, 4 IR, 1 T, 2 DR, 1 MCU, 2 CR).
L'ingénieur recruté sera hiérarchiquement positionné sous la responsabilité directe du directeur de
l'unité.

Localisation :
Campus Pierre et Marie Curie, Bâtiment B 2ème étage, BC28, 4 place Jussieu 75005 Paris