Missions

L'agent assure le bon fonctionnement des microscopes et équipements de la plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire.
Il/elle accompagne les utilisateurs (chercheurs, doctorants, équipes externes) à l'acquisition d'images biologiques, au traitement et à l'analyse des données via des logiciels spécialisés, et à la formation des utilisateurs aux techniques et outils de la plateforme.
Il/elle veille au respect des consignes de sécurité et à la qualité des données produites.

Activités

a) Gestion et maintenance des Microscopes de la Plateforme
- Réaliser les opérations courantes d'entretien et de calibration des équipements de microscopie (à épifluorescence, confocaux, light-sheet, scanner de lames etc.)
- Assurer la disponibilité des équipements : planification, suivi des réservations et assistance technique.
- Diagnostiquer et résoudre les pannes techniques, en lien avec les fournisseurs et le service informatique, suivre les interventions de maintenance.
- Assurer le respect des normes d'hygiène, sécurité et éthique liées à l'utilisation des équipements
- Contribuer à l'amélioration continue du fonctionnement de la plateforme

b) Acquisition et traitement d'Images
- Former et assister les utilisateurs sur des outils standards (ImageJ, Fiji, Imaris, ou QuPath pour la segmentation, la quantification, le tracking et la visualisation 3D).
- S'intéresser et se former à l'utilisation de l'IA (Intelligence artificielle) pour la détection d'objets et la segmentation d'images microscopiques. Créer éventuellement des scripts personnalisés pour l'automatisation de l'analyse.
- Conseiller sur l'interprétation des résultats, identifier les limites des méthodes et proposer des alternatives innovantes.
- Participer au traitement de données en garantissant la traçabilité et la reproductibilité des résultats

c) Formation et veille
- Participer à l'organisation des sessions de formation sur les équipements et logiciels de la plateforme (ateliers sur ImageJ, deep learning appliqué à la microscopie...).
- Assurer une veille technique sur les équipements et les logiciels d'analyse d'images.
- Rédiger des rapports techniques, contribuer aux publications et présenter des résultats lors de séminaires.

Compétences

Savoirs :

- Principes de bases en fluorescence, imagerie microscopique, imagerie quantitative
- Méthodes conventionnelles de traitement et d'analyse d'images biologiques
- Connaissances en informatique, programmation et intelligence artificielle.
- Connaissances en alignement, métrologie et calibration des systèmes optiques serait un plus
- Connaissance des règles d'hygiène et sécurité en laboratoire
- Anglais (niveau A2 à B1)

Savoirs faire :

- Savoir réaliser et analyser par imagerie photonique des préparations d'échantillons biologiques
- Maîtriser les techniques d'imagerie (confocale, light-sheet, super-résolution) et des instruments associés
- Maitriser les logiciels d¿analyse d'image open-source (ImageJ, FIJI...) et commerciaux (Zen, Imaris, Arivis, Nis element...) et être capable de réaliser des analyses quantitatives (segmentation, débruitage et analyse statistique).
- Des compétences ou un intérêt pour la programmation (Python, Java, MATLAB, etc.) seraient un plus pour le poste
- Gestion de données volumineuses et stockage sur serveurs

Savoirs-être :

- Excellentes qualités pédagogiques et relationnelles pour former et conseiller des utilisateurs variés.
- Rigueur, autonomie et sens de l'organisation pour gérer des projets multiples
- Curiosité scientifique et volonté d'apprentissage
- Esprit d'équipe et goût pour le travail collaboratif.
- Aimer partager ses connaissances pour accompagner les chercheurs selon une notion de services
- Autonomie dans l'exécution des tâches confiées.
- Travail en mode projet

Contexte de travail

L'agent intègrera une plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire dédiée à la recherche en biologie (ex. : cancérologie, infectiologie ou neurosciences). La plateforme dispose d'un parc d'instruments diversifié (microscopes confocaux, light-sheet et un système d'imagerie à haut débit), dans un environnement de recherche collaborative.
Le poste vise à assister l'ingénieur d'études en place dans la gestion opérationnelle des équipements de microscopie et à soutenir les utilisateurs dans le traitement avancé des images.
L'agent sera placé sous la hiérarchie de la directrice de UAR BioMedTech Facilities. Il exercera ces fonctions sous la responsabilité fonctionnelle de l'ingénieur et du réfèrent scientifique de la plateforme.

Contraintes liées au poste :

- Travail fréquent en environnement obscur,
- Exposition aux rayonnements laser