Description du sujet de thèse

Les plantes utilisent la lumière du soleil pour la photosynthèse et doivent en parallèle lutter contre les effets délétères des rayons ultraviolets (UV). Les UV induisent des lésions sur l'ADN (photolésions) qui modifient la conformation de l'ADN et interfèrent avec la réplication de l'ADN et la transcription. Les photolésions sont réparées par 2 voies principales : le Direct Repair (DR) et le Nucleotide Excision Repair (NER). Le DR est un mécanisme de réparation qui dépend de la lumière et qui fait intervenir des photolyases qui réverte le dommage sur l'ADN. Le NER est indépendant de la lumière et fait intervenir l'excision des photolésions et la synthèse d'un nouveau brin d'ADN indemne de tous dommages. L'équipe de recherche a démontré que l'orientation de la réparation par l'une ou l'autre voie dépend du niveau de compaction de la chromatine et donc du contexte épigénétique des régions endommagées par les UV. L'objectif du projet est de caractériser la dynamique de chargement sur la chromatine de différents facteurs impliqués dans le DR et/ou dans les premières étapes du NER en fonction du contexte (épi)génétique.

Le projet s'articulera autour de 2 axes :

Le 1er axe aura pour objectif de caractériser/identifier des facteurs génétiques et épigénétiques qui influencent la dynamique des facteurs de reconnaissance des photolésions. Pour cela l'association/dissociation à la chromatine seront suivis dans différents fonds génétiques présentant des altérations de l'épigénome.

Le 2ème axe de recherche aura pour but de caractériser les régions génomiques (i) dans lesquelles les facteurs de reconnaissance des photolésions sont présents (ii) enrichies en photolésions. La combinaison de ces différentes approches permettra de caractériser les déterminants génétiques et épigénétiques impliqués dans la formation et la reconnaissance des photolésions.
Ce projet offre des connaissances et une expérience en matière de biologie cellulaire, de biologie moléculaire, de génétique et de bioinformatique. Le candidat (H/F) apprendra des techniques de biochimie de la chromatine, de microscopie, et de génomique fonctionnelle. Le candidat (H/F) sera également formé à la rédaction et à la communication, ainsi qu'à la présentation des résultats à différents publics.

Contexte de travail

Le poste est situé à l'IBMP à Strasbourg (France) et est disponible pour 36 mois, à partir de d’octobre 2025. L'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP ; http://www.ibmp.cnrs.fr) est le plus grand institut de recherche du CNRS en sciences végétales en France. Il héberge 20 équipes de recherche et est reconnu pour son expertise en génomique, génétique, métabolisme, biochimie, biologie cellulaire et physiologie moléculaire des plantes.

Le candidat (H/F) rejoindra le projet ANR UVChrom (Stress UV et développement : dynamique du génome-épigénome en lien avec la capacité d'endommagement de l'ADN et les mécanismes de réparation) impliquant 3 partenaires
Le candidat (H/F) sera inscrit à l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de l'Université de Strasbourg (http://ed.vie-sante.unistra.fr/) qui propose de nombreuses formations techniques et transversales (108 heures de formation obligatoires). Au sein du laboratoire, le candidat (H/F) sera encadré(e) par un chercheur permanent et un comité de suivi l'accompagnera tout au long de son projet de thèse.

Contraintes et risques

Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un master en biologie moléculaire et/ou cellulaire, être capable de communiquer en anglais à l'écrit et à l'oral (niveau B2 ou supérieur), et de s'intéresser à la génomique fonctionnelle. Le candidat (H/F) doit avoir de l'expérience en biologie moléculaire, biochimie et microscopie. Une expérience préalable dans le domaine de la bioinformatique est un atout.