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Doctorat en épigénétique des plantes (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR9198-ANGDEL-001
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 27 juillet 2020
Nom du responsable scientifique : Angélique DELERIS
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Chez les plantes et de nombreux organismes, la méthylation de l'ADN est une caractéristique des éléments transposables (ET) qui contrôle négativement l'expression des ET. D'autre part, la triméthylation de l'histone H3 sur la lysine 27 (H3K27me3), ciblée par les protéines conservées du groupe Polycomb (PcG), est une marque de répression transcriptionnelle associée aux gènes codant les protéines. Néanmoins, il existe un nombre croissant d'évidences révélant des interactions entre ces voies. En particulier, de nombreuses séquences d'ET, lors de leur perte de méthylation de l'ADN et/ou dans certains types cellulaires, ou même parfois en plus de la méthylation de l'ADN, présentent des marques H3K27me3. Ces observations soulèvent des questions fondamentales concernant les différences et les points communs entre la régulation médiée par Polycomb et par la méthylation de l'ADN. Nous proposons d'y répondre dans Arabidopsis thaliana, un modèle puissant pour étudier la régulation épigénétique des ET.
Nous voulons examiner comment la méthylation de l'ADN et Polycomb interviennent dans la régulation des TE, et étudier leur potentiel de répression, en particulier lors de l'activation des ET induite par un stress biotique. Pour atteindre cet objectif, nous analyserons l'interaction entre les facteurs de transcription (TF) et le silencing des TE par la méthylation de l'ADN et Polycomb, en utilisant d'abord un locus ET modèle pour lequel nous disposons d'un cadre de travail solide et pertinent. Nous identifierons et caractériserons les facteurs de transcription (TF) qui contrôlent l'expression de cet ET, comme point de départ pour suivre ensuite l'effet de Polycomb et de la méthylation de l'ADN sur la liaison des TF et de PolII, ainsi que les conséquences sur la transcription (AIM1). En outre, nous proposons d'étudier l'importance de cette interaction au niveau du génome entier en étudiant l'apparition des néo-insertions de cet ET dans la progéniture des plantes infectées par les bactéries, ces neo-insertions étant le reflet des transpositions qui se sont produites dans des types cellulaires impliqués dans l'hérédité et en utilisant la capture d'ET comme méthode sensible pour leur détection ( AIM2 ).

Contexte de travail

Ce travail sera mené à l'I2BC (Gif/Yvette) , au sein du département de Biologie des Génomes et de l'équipe " Régulation epigénétique des elements transposables d'Arabidopsis"

Contraintes et risques

N/A

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