Description du sujet de thèse

Ce projet vise à évaluer la contribution des virus comme vecteurs de transfert horizontal de matériel génétique entre insectes (TH). Ce type de transfert est défini comme le passage d’ADN entre organismes par des moyens autres que la reproduction. Nous nous focaliserons sur les TH d’éléments transposables (THE), le type de transfert le plus fréquent chez les eucaryotes, et concentrerons nos efforts sur les insectes, un groupe d'animaux chez lequel les THE sont très répandus. Le premier axe du projet consistera à mesurer expérimentalement la fréquence des THE virus-vers-hôte chez des papillons et des espèces de drosophiles infectées par un ou deux ou trois virus (un baculovirus, un iridovirus et un virus domestiqué de guêpe parasitoïde). Dans le 2ème axe, nous effectuerons des criblages bioinformatiques à grande échelle de THE entre insectes et testerons si le nombre de THE entre espèces s'explique par la présence de virus. Cela sera fait sur un sous-ensemble d'échantillons de terrain disponibles dans la base de données SymbioCode hébergée par le laboratoire LBBE (université Lyon 1), dans laquelle la flore virale sera caractérisée à l'aide de PoolSeq de plusieurs individus pour chaque espèce d'insecte. Dans son ensemble, ce projet combinant des approches expérimentales et de génomique comparative apportera un nouvel éclairage sur les aspects mécanistiques des THE. Il permettra également d’évaluer si les virus ont contribué à façonner la distribution des THE chez les insectes.

Activité:
-manipulation d'insectes et infections d'insectes par plusieurs virus, purification de virus et extraction d'ADN
-caractérisation de transferts horizontaux d'éléments transposables d'insectes hôtes à virus (séquençage haut débit en lecture courtes et analyses bioinformatiques)
-recherche d'intégrations d'éléments transposables intégrés dans les génomes somatiques et germinaux d'insectes infectés par un virus porteurs d'éléments transposables provenant d'un autre insecte (PCR, vectorette PCR, séquençage Sanger, séquençage haut débit en lectures courtes et/ou longues)
-séquençage et assemblage de génomes d'insectes
-annotation d'éléments transposables et de virus dans les génomes assemblés (analyses bioinformatiques)
-inférences et comptage d'évènements de transferts horizontaux entre insectes et test statistique d'un lien possible entre les taux de transferts horizontaux et le partage de virus

Compétences attendues:
-diplôme de master 2 en biologie de l'évolution et/ou bioinformatique et/ou virologie
-fort attrait pour la génomique évolutive
-bonne maitrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit
-compétences en programmation et en statistiques souhaitables (formation pendant la thèse possible)

Contexte de travail

Il s'agit d'un contrat de doctorat de 3 ans qui s’inscrit dans le cadre plus large d’un projet ANR financé (VIRHOZFER, 2024 – 2029), impliquant plusieurs membres des laboratoires EGCE et LBBE (Univ. Lyon1) avec lesquels le.la candidat.e pourra interagir autant que besoin. Toutes les manips seront financées par le projet ANR VIRHOZFER. . La thèse sera co-encadrée par Clément Gilbert (CR CNRS HDR, laboratoire EGCE, Univ. Paris-Saclay) et Julien Varaldi (MCF HDR, laboratoire LBBE, Univ. Lyon 1). L’essentiel des expériences et des analyses prévues dans la thèse seront effectuées au laboratoire EGCE mais plusieurs séjours au laboratoire LBBE sont envisagés.

Deux virus libres (un baculovirus [AcMNPV] et un iridovirus [IIV6]) et un virus domestiqué (bracovirus de la guêpe parasitoïde Cotesia typhae) sont disponibles au laboratoire EGCE. Le laboratoire EGCE possède un élevage de plusieurs dizaines d’espèces de drosophiles, d’une espèce de papillon et d’une espèce de guêpe parasitoïde qui pourront être utilisées pour les infections simples et multiples prévues dans la thèse.

Tous les individus d’espèces de papillons qui seront séquencés en pools dans le cadre de l’axe 2 sont disponibles et conservés dans l’éthanol à -20°C au laboratoire LBBE.

La personne recrutée sera formée aux bonnes pratiques bioinformatiques et de laboratoire par les encadrants et au moins deux ITA du laboratoire EGCE. Il/elle sera amené.e à présenter ses travaux régulièrement devant les membres des laboratoires LBBE et EGCE, ainsi que lors de la réunion du GDR 3546 « Eléments transposables ».

La personne recrutée évoluera dans un environnement professionnel optimal, possédant son propre espace et matériel de recherche. L'environnement de travail étant international, une bonne maitrise de l'anglais est souhaitable.