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Thèse de doctorat sur les Réponses des réseaux microbiens marins aux apports de matière organique dissoute terrigène (phénomène de brunissement) (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR9190-SANDEV-002
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 9 juillet 2020
Nom du responsable scientifique : B MOSTAJIR - F VIDUSSI
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Ce projet s'inscrit dans la problématique de la réponse des réseaux microbiens au phénomène du brunissement des eaux marines. Ce phénomène est la conséquence du lessivage des bassins versants pendant les périodes de fortes précipitations qui peut entrainer le reversement d'une quantité importante de matières terrigènes et de matière organique dissoute terrigène (MODt) dans les eaux côtières aussi bien que dans les eaux douces. Le premier effet du transport des MODt est l'augmentation de la turbidité des eaux et par conséquence l'atténuation de la lumière dans la colonne d'eau qui peut diminuer la capacité photosynthétique des communautés phytoplanctoniques. Le MODt engendre un second effet important qui favorise cette fois-ci les micro-organismes procaryotes, notamment les bactéries qui assimilent le MOD. Puisque les MODt ont un impact sur les deux composantes majeures à la base des réseaux trophiques, ils peuvent entrainer un changement de la structure et du fonctionnement des réseaux microbiens et par conséquence des états trophique et métabolique du système pélagique.
Le changement du régime de précipitations liées aux changements climatique peut entrainer dans le climat méditerranéen une augmentation des crues éclairs et des apports terrigènes et ainsi le brunissement des eaux. De plus, l'augmentation de la température des eaux marines prévue pour les années à venir peut aussi modifier la structure et le fonctionnement des réseaux planctoniques marins. Il y a peu d'études sur les effets de brunissement des eaux marines, et encore moins sur les effets interactifs de l'augmentation simultanée de brunissement et de la température d'eau.
L'objectif de cette thèse est d'étudier les réponses séparées et combinées des micro-organismes de réseaux microbiens au brunissement et à l'augmentation de la température. Afin d'étudier à la fois l'ensemble des micro-organismes de réseaux microbiens et leurs interactions soumis à des forçages au plus proches des forçages naturels, cette étude sera effectuée dans des conditions expérimentales contrôlées avec une approche au plus proche des conditions naturelles pouvant englober l'ensemble des micro-organismes de réseaux microbiens pélagiques. Cette approche est basée sur l'utilisation des mésocosmes pélagiques in situ.
Une expérience en mésocosme sera réalisée dans le cadre du projet ANR RESTORE 2020-2024 : Microbial responses to terrestrial dissolved organic matter input in freshwater and marine ecosystems in a changing environment. Lors de cette expérience qui sera réalisée en printemps 2021, un apport en MODt et une augmentation de la température seront effectués de façon séparé ou conjointes dans les mésocosmes. Pendant la durée de l'expérience, les variables physico-chimiques et biologiques d'intérêt dans les eaux des mésocosmes seront suivies avec des capteurs automatisés en continu et à haute fréquence. D'autres mesures pour estimer les abondances ou la biomasse de différents organismes planctoniques et des processus clés (i. e. taux de croissance et de broutage) seront réalisées par cytométrie en flux, microscopie optique et à épifluorescence ou HPLC. D'autres processus importants comme la production et la respiration communautaires seront également étudiés.
Le(a) candidat(e) doit rédiger un article scientifique au minimum sur la réponse des réseaux microbien marins et ses principales composantes biologiques au brunissement.

Ce phénomène de brunissement des eaux côtières est un phénomène répandu en différentes zones côtières du globe. Par conséquent, au-delà de l'expérience en mésocosme réalisée au printemps 2021 dans les eaux côtières au sud de la France, il y aura la possibilité d'effectuer d'autres expériences en mésocosmes dans d'autres zones côtières, notamment dans le cadre des projets Européens AQUACOSM 2017-2021 (https://www.aquacosm.eu/) et AQUACOSM-Plus 2020-2024 (https://cordis.europa.eu/project/id/871081/fr).
Le(a) doctorant(e) pourrait participer à une ou deux expériences prévues dans ces projets et il pourrait travailler sur certains échantillons récoltés par exemple pour estimer les taux de croissance et du broutage des micro-organismes des réseaux planctoniques microbiens (le bactérioplancton et le phytoplancton) en réponse au brunissement ou à d'autres facteurs de forçage lié aux changements climatiques dans les conditions d'une autre zone côtière. Le(a) doctorant(e) en analysant ces échantillons et en traitant les données associées pourra rédiger une autre publication dans le cadre d'un consortium européen.

Contexte de travail

Le(a) candidat(e) retenu(e) devra s'inscrire à l'Ecole Doctorale GAIA à l'Université de Montpellier (https://gaia.umontpellier.fr/). Le(a) candidat(e) retenu(e) effectuera ses recherches sous la supervision de Behzad MOSTAJIR et Francesca VIDUSSI au laboratoire MARBEC à Montpellier et s'intégrera dans leur « Equipe Projet » composée de 2 doctorants un post-doctorant et d'autres collègues impliqués dans leurs projets de recherches. Les co-encadrants effectueront des réunions régulières avec le(a) doctorant(e) afin d'assurer le suivi des recherches et de sa formation. De plus, un Comité de Suivi Individuel (CSI) sera composé par les Experts Scientifiques afin de suivre la progression des travaux de doctorant(e) et l'avancement de la thèse.

Contraintes et risques

Participation aux expériences sur le terrain. Des déplacements en France et à l'étranger sont probables.

Informations complémentaires

Les candidats devront fournir un seul document PDF incluant 1) une lettre de motivation, 2) un CV détaillé précisant les notes finales de M1 et M2 séparément, 3) un résumé d'une page maximum de leur projet scientifique réalisé en Master, et 4) le nom et adresse e-mail de deux personnes pouvant recommander le(a) candidat(e). La date limite pour l'envoi des candidatures est le 21/08/2020. L'audition des candidat(e)s retenu(e)s en Visioconférence entre le 24 et le 28/08/2020 et la date de prise de fonction le 1er octobre 2020.

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