Description du sujet de thèse

Approche bioculturelle de la conservation des écosystèmes marins de l’océan indien occidental face au changement climatique.
Les écosystèmes marins, essentiels au bien-être humain, sont menacés par le changement climatique. Pour garantir des mesures de conservation efficaces face à ces bouleversements, une approche holistique est nécessaire. Celle-ci doit intégrer la pluralité des savoirs—en particulier les savoirs écologiques locaux (SEL) et les valeurs des communautés locales—avec les connaissances scientifiques, notamment à travers le développement d’outils innovants.
La thèse est financée par Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires | MITI - Direction générale déléguée à la science | DGDS.
La mission sera d'intégrer les savoirs écologiques locaux (SEL) et le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe) afin d’évaluer la distribution de la biodiversité marine et la pluralité des valeurs qui lui sont associées dans l’océan indien occidental, notamment au Kenya et en Tanzanie.
L’objectif principal de cette thèse est de mieux intégrer la pluralité des valeurs (écologiques, économiques et socioculturelles) ainsi que les représentations des communautés locales aux réflexions sur une gestion plus durable des ressources de pêche face au changement climatique. Le 1er objectif sera d’identifier les espèces et les zones géographiques marines qui présentent les plus fortes valeurs pour les communautés (ex : valeur patrimoniale, attachement au lieu). Le 2ème objectif sera de déterminer la valeur écologique de ces zones marines et la distribution des espèces clés de poissons téléostéens et élasmobranches grâce à l’ADN environnemental et à des données de capture. Enfin, le 3ème objectif consistera à évaluer les préférences des communautés locales pour différents scénarios de protection produit en combinant les savoirs locaux et scientifiques étudiés. En mobilisant une approche interdisciplinaire, ce projet établira un cadre fondamental faisant dialoguer divers systèmes de connaissances pour mieux orienter des mesures de gestion qui concilient des objectifs de conservation avec les attentes, valeurs et besoins des populations locales.

Contexte de travail

La personne recrutée coconstruira les objectifs et les méthodes du projet de thèse avec les partenaires et les parties prenantes en adoptant une approche mixte. La personne recrutée combinera des approches de cartographie participative, des entretiens semi-structurés et des groupes focaux de discussion pour identifier les zones marines (frayères, pêches de subsistance, protection côtière), les espèces d’intérêt pour les communautés et les valeurs associées (économiques, socioculturelles et écologiques). Des questions spécifiques seront posées sur les perceptions des changements environnementaux et de leurs impacts (déplacement des espèces, abondance, biologie, événements inhabituels). La personne recrutée sera chargée d’appliquer cette approche sur deux sites, où il ou elle passera trois mois chacun en immersion dans les activités quotidiennes des communautés (observation participante), pour mieux en comprendre son fonctionnement et système de valeurs.
Sur la base de cartes participatives, plusieurs zones seront sélectionnées pour l’échantillonnage de l’eau qui permettra d’inférer la présence et l’abondance relative des poissons téléostéens et élasmobranches via le metabarcoding de l’ADNe. Deux ensembles d’amorces seront utilisés pour chaque groupe. Les résultats du metabarcoding permettront à la personne recrutée d’évaluer la biodiversité dans les zones sélectionnées (à l’intérieur et à l’extérieur des AMP) et à cartographier leurs valeurs écologiques en s’appuyant sur des indices de diversité complémentaires (taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle), la structure trophique, et la proportion d’espèces vulnérables. Ces données seront complétées et validées avec des sources scientifiques complémentaires, notamment les données de capture au débarquement, fournies par les partenaires du projet (KMFRI au Kenya et le ministère des pêches en Tanzanie). Enfin, des modèles de distribution conjointe des espèces (JSDM) seront utilisés pour prédire les changements de communautés et la présence d’espèces d’ici la fin du siècle.

À partir des données sur les savoirs locaux et scientifiques, la personne recrutée devra définir quatre attributs clés inspirés du concept d’Autres Mesures de Conservation Efficace (ex. : nourriture, valeurs culturelles et cérémoniales, rôle de tampon contre le changement climatique). Ces attributs, liés aux valeurs identifiées lors des entretiens, reflèteront les priorités des communautés et des parties prenantes. Ces attributs serviront à élaborer environ 12 scénarios de conservation alternatifs. La personne recrutée sera ensuite chargée d’analyser les préférences des communautés pour ces scénarios via une expérience de choix discret (ECD). Cette approche permettra d’estimer les préférences marginales des attributs, la volonté de payer pour un changement unitaire dans chaque attribut et d’identifier les compromis entre les différents bénéfices perçus. Les DCE seront menées par la personne recrutée auprès des parties prenantes (pêcheurs, gestionnaires) à travers des ateliers et des questionnaires individuels dans les villages et sites de débarquement. Chaque scénario sera présenté visuellement pour faciliter leur compréhension.
La personne recrutée devra présenter un cursus académique en ethnoécologie ou anthropologie, complété par une expérience en écologie, notamment en écologie des communautés ou conservation. Une formation en génomique environnementale sera également considérée, à condition que la personne justifie d’une expérience et d’un réel intérêt pour les approches ethnoécologiques et le travail de terrain auprès des communautés locales et des parties prenantes.
La personne recrutée devra maîtriser les approches mixtes de collecte de données ethnoécologiques sur le terrain, telles que les entretiens semi-structurés et l’animation de groupes focaux. Une bonne maîtrise des biostatistiques (gestion de bases de données, utilisation du logiciel R) ainsi qu’un excellent niveau d’anglais sont indispensables.
Les données d’ADNe étant amplifiées et séquencées indépendamment, l’implication de la personne recrutée dans leur analyse approfondie dépendra de son intérêt et de ses compétences. Toutefois l’étudiant participera à la collecte de ces échantillons.
La thèse s’inscrit dans le projet international MESCAL (Multiscale connectivity at species and community levels to achieve conservation goals under climate change in the Western Indian Ocean) financé par l’Agence Nationale de la Recherche, l’Agence Française de Développement et plusieurs agences de financement africaines. MESCAL réunit un consortium de 14 partenaires scientifiques au Kenya, en Tanzanie, au Mozambique et en Afrique du Sud. La personne recrutée bénéficiera du soutien des collaborateurs locaux, notamment au Kenya (Kenya Marine and Fisheries Research Institute, Wildlife Research and Training Institute) et en Tanzanie (State University of Zanzibar, Institute of Marine Sciences). Le budget de MESCAL couvrira l’ensemble des frais de fonctionnement de la thèse, incluant les missions de terrain, le metabarcoding et la bioinformatique associée, les ateliers, les enquêtes et éventuellement le financement d’étudiants locaux qui travailleront avec la personne recrutée.
En tant que membre de l'UMR MARBEC, la personne recrutée disposera d'un montant personnel de 1500€ pour 3 ans qu'il/elle pourra utiliser dans le cadre de son activité (frais de congrès, de formation spécifique, etc.)
L’encadrement de cette thèse sera assuré par une équipe interdisciplinaire au sein du projet MESCAL. Thomas Lamy (MARBEC), co-PI de MESCAL, est expert en modélisation des changements de biodiversité marine. Il apportera une expertise unique en combinant techniques moléculaires (ADNe) et modélisation pour la conservation de la biodiversité marine, et une expérience récente à l’interface homme-nature. Georgeta Stoïca (Université de Mayotte), anthropologue, est spécialiste des représentations sociales des écosystèmes coralliens et des conflits liés à l’accès aux ressources naturelles. Céline Reisser (MARBEC), généticienne des populations marines, accompagnera l’étudiant sur les aspects génétiques du projet. Delphine Renard (CEFE), apportera son expérience sur les savoirs des communautés locales.
Les enquêtes seront développées en concertation avec les partenaires régionaux pour garantir le succès du projet et la sécurité de l’étudiant. Le travail de terrain s'effectuera essentiellement au Kenya et en Tanzanie, en accueil auprès des partenaires du projet MESCAL.
La personne recrutée participera aux campagnes d’échantillonnage ADNe avec Peter Teske (University of Johannesburg) et Romina Henriques (University of Pretoria), mais l’extraction de l’ADN et le séquençage seront réalisés par une société privée (par ex ARGALY). Bastien Mérigot (MARBEC) apportera son expertise en modélisation de la biodiversité, tandis que Christopher Bova (Rhodes University) contribuera au développement et à l’analyse des ECD.
Des ateliers de travail entre les différents membres du projet, notamment lors de la construction des DCE pourront être organisés.
La personne recrutée travaillera aussi au sein du grand consortium de recherche MESCAL, et sera amené à présenter et discuter de ces résultats, et contribuer à des missions d’échantillonnage le long de la cote est africaine selon son intérêt.
De plus, la personne recrutée sera invité et à interagir avec les autres étudiants du GDR OMER, qui finance la bourse de thèse, et à présenter ses résultats chaque année lors des journées OMER.

Contraintes et risques

Enfin, la personne recrutée devra faire preuve d’autonomie, de capacités d’adaptation et d’initiative, notamment dans le cadre de missions de terrain prolongées au Kenya et/ou en Tanzanie, dans des contextes logistiques parfois contraints.
Tous les déplacements, notamment en zones identifiées à risques seront soumises à la règlementation du CNRS en termes de durée, et nécessiteront une demande et un accord préalable du fonctionnaire sécurité défense du CNRS.
La personne recrutée disposera d’un bureau et du matériel nécessaire pour réaliser ses travaux. Il/elle aura également accès au cluster de calcul Datarmor de l’Ifremer pour ses analyses.