Description du sujet de thèse

Les associations symbiotiques sont fréquentes dans la nature, notamment dans les milieux aquatiques, où les associations entre cnidaires et zooxanthelles sont les plus répandues et étudiées. Cependant, l'étude fonctionnelle de ces associations reste difficile en raison du caractère réfractaire des dinoflagellés aux techniques de biologie moléculaire, telles que la mutagenèse. Dans le cadre de ce projet, nous contournons cette difficulté en utilisant un nouveau modèle d'étude : le ver marin Symsagittifera roscoffensis, également connu sous le nom de ver de Roscoff. Ce ver mesure généralement de 2 à 3 mm à l'âge adulte et présente une coloration verte due aux milliers d'algues vertes Tetraselmis convolutae qui vivent sous son épiderme.
Ce modèle d'étude présente plusieurs avantages intéressants : tout d'abord, son cycle de vie est maîtrisé en laboratoire, ce qui permet d'avoir accès à tous les stades de développement du ver, y compris les cocons, les vers juvéniles aposymbiotiques et les vers adultes gravides. Deuxièmement, les techniques de mutagenèse aléatoire et dirigée peuvent être appliquées à l'algue, autorisant ainsi une approche fonctionnelle de la photosymbiose. Enfin, la transmission horizontale du partenaire photosynthétique (acquisition de l'algue depuis son environnement) offre une parfaite maitrise sur la mise en place de la photosymbiose.
Dans le cadre de la thèse, le ou la candidate aura pour objectif de mener des expériences transcriptomiques sur les algues libres et in hospite, permettant ainsi d'obtenir des informations sur l'expression des gènes et d'identifier un ensemble de gènes candidats potentiellement impliqués dans la photosymbiose. Dans le but de confirmer ou infirmer le rôle des gènes candidats, il/elle conduira des expériences de mutagenèse dirigée en appliquant la technologie CRISPR-Cas9. Enfin, le ou la candidate validera ces résultats en menant des expériences de photosymbiose contrôlée avec la souche mutante et les vers juvéniles aposymbiotiques.

Contexte de travail

Nous recherchons une personne très motivée et autonome, désireuse de se lancer dans cette nouvelle voie de recherche passionnante. Le/la candidat(e) devra être titulaire d'un Master 2 en biologie et posséder de solides compétences en biologie moléculaire. Une maîtrise des outils de bio-informatique ainsi qu'un bon niveau d'anglais seront considérés
La thèse est financée pour une durée de 3 années dans le cadre du projet ANR « animalga ». Le/la doctorant.e évoluera dans l'unité de glycobiologie structurale et fonctionnelle (UGSF UMR8576) au sein de l'équipe de génétique microbienne installée sur le campus de Villeneuve d'Ascq de l'Université de Lille (Hauts de France).

Contraintes et risques

Le/la doctorant.e sera amené.e à effectuer de courts déplacements à la station biologique de Roscoff (France) et à l'université de Liège (Belgique).