Description du sujet de thèse

Cette thèse vise à utiliser la microscopie de fluorescence et l’imagerie de temps de vie de fluorescence (FLIM) pour caractériser les tumeurs sur puce et d'autres systèmes de culture 3D pour le cancer, y compris les organoïdes, avec l'intention finale d'étudier l'impact du microenvironnement sur la réponse des cellules cancéreuses aux thérapies.
Le projet fait partie du projet DEEPSEE (Chaire internationale : High performance 3D bioimaging, ISITE ULNE) qui se concentre sur le développement au sein de l'équipe DyNaChem (http://lasir.cnrs.fr/dynachem/) de nouvelles modalités de microscopie de fluorescence pour l'imagerie 3D très rapide combinée à une faible phototoxicité.
Le candidat au doctorat suivra la réponse des cultures de cellules cancéreuses en 3D aux thérapies en utilisant un microscope de fluorescence de pointe, visant à visualiser plusieurs paramètres simultanément afin de capturer les processus qui se produisent à l'intérieur de ces modèles de tumeurs. Il/elle devra s'occuper de la préparation des échantillons et de la culture, effectuer le marquage et l'imagerie de fluorescence, et analyser les données obtenues afin de découvrir les corrélations entre les niveaux d'oxygène, le pH et la mort cellulaire, ainsi que plus généralement les signaux de fluorescence générés par des biocapteurs et des nanoparticules génétiquement encodés.

Programme de thèse : il consistera (1ère année) à se former aux méthodes de microscopie de fluorescence et à évaluer la réponse des cellules cancéreuses à l'aide d'un vidéo-microscope 3D construit au laboratoire par un post-doctorant. Le candidat cherchera ensuite à optimiser l'utilisation des sondes/capteurs pour l'analyse multiplex (spectres et durée de vie) de la réponse cellulaire en temps réel, avec des temps d'exposition minimaux pour limiter la phototoxicité et le photoblanchiment. Avec l'aide d'un post-doctorant spécialiste en analyse d'image, la troisième année de thèse sera consacrée à relier les paramètres biophysiques mesurés et la réponse à diverses thérapies ciblées, et à rédiger la thèse.

Profil du candidat : Les candidats doivent être titulaires d'un master en biologie ou en physique, avec une expérience en microscopie de fluorescence, en analyse d'images et en biologie cellulaire. Il/elle doit être très motivé(e) pour travailler dans un projet international et interdisciplinaire, dans lequel un grand esprit d'équipe est requis.

Contexte de travail

Cette thèse sera rattachée au laboratoires LASIRE (Team Dynamic, Nanoscopy and chemometrics, http://lasir.cnrs.fr/dynachem/) et CANTHER (Cancer heterogeneity, plasticity and resistance to therapies, https://www.canther.fr/), et sera dirigée par le Dr. Alessandro Furlan (CANTHER Lab, Oncolille Institute,Univ. Lille), et co-encadrée par le Dr. Olivier Devos (LASIRE lab, Univ. Lille) et le Prof. Peter Dedecker (KULeuven).

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.