Description du sujet de thèse

Ce projet explore comment les modifications de l'ARN ribosomique (ARNr) influencent la résistance aux antibiotiques et vise à cibler ces ARN modifiés avec des molécules antibiotiques. Nous combinons génétique, biologie et chimie afin : 1. D’évaluer l’impact des modifications de l’ARNr sur la réponse aux antibiotiques ; 2. D’étudier une modification spécifique réalisée par une enzyme bactérienne récemment découverte ; 3. De développer des molécules ciblant l’ARN modifié pour de nouvelles stratégies antibiotiques.

Publications liées au sujet :
Babosan A, Fruchard L, Krin E, Carvalho A, Mazel D, Baharoglu Z. Non-essential tRNA and rRNA modifications impact the bacterial response to sub-MIC antibiotic stress. microLife. 2022. doi: 10.1093/femsml/uqac019.
Fruchard L, Babosan A, Carvalho A, Lang M, Li B, Duchateau M, et al. Aminoglycoside tolerance in Vibrio cholerae engages translational reprogramming associated to queuosine tRNA modification. eLife. 2025. doi: 10.7554/eLife.96317.
Kovachka S, Panosetti M, Grimaldi B, Azoulay S, Di Giorgio A, Duca M. Small molecule approaches to targeting RNA. Nat Rev Chem. 2024;8(2):120-35. Epub 20240126. doi: 10.1038/s41570-023-00569-9.
Maucort C, Bonnet M, Ortuno JC, Tucker G, Quissac E, Verreault M, et al. Synthesis of Bleomycin-Inspired RNA Ligands Targeting the Biogenesis of Oncogenic miRNAs. J Med Chem. 2023;66(15):10639-57. doi: 10.1021/acs.jmedchem.3c00797.

Activité :
Constructions de souches et de plasmides
Tests phénotypique de survie aux stress
Extractions de ribosomes, d’ARNs, de protéines
Techniques de biochimie (notherns, westerns, activités enzymatiques)

Compétences
Solide expérience en génétique bactérienne, manipulation de l’ARN et techniques de biologie moléculaire
Intérêt marqué pour la microbiologie et la biologie des ribosomes
Esprit critique et capacité à contribuer au projet tant sur le plan expérimental qu’intellectuel
Ouverture d’esprit, curiosité et aptitude à synthétiser des informations complexes
Maîtrise de l’anglais

Contexte de travail

Le chercheur ou la chercheuse aura comme employeur le CNRS. Le chercheur ou la chercheuse fera partie de l'équipe « Responses epitranscriptionnelles au stress antimicrobien » dirigée par Zeynep Baharoglu dans le Laboratoire d’expression génétique microbienne. Ce laboratoire fait partie de l'Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) sur le campus Curie, dans le 5e arrondissement de Paris. Le projet est supervisé par Zeynep Baharoglu. Tout le matériel nécessaire se trouve déjà dans le laboratoire ou dans un rayon proche.

Contraintes et risques

Travail dans un laboratoire de biosécurité niveau L2 avec l’espèce pathogène Vibrio cholerae