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H/F PhD Génomique des diatomées

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : lundi 29 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : H/F PhD Génomique des diatomées
Référence : UMR8197-VALHER-107
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : lundi 8 juillet 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 décembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Organisation, expression, évolution des génomes

Description du sujet de thèse

Génomique des diatomées: Pour étudier comment les diatomées peuvent répondre au changement climatique, il est nécessaire d'explorer la relation fondamentale entre leurs génomes, les structures des populations et leurs changements en réponse aux fluctuations environnementales. Les ressources étendues de Tara Oceans offrent des opportunités sans précédent pour aborder ces concepts fondamentaux dans le plancton marin, car elles constituent le premier ensemble de données cohérent et hautement contextualisé de communautés planctoniques avec une couverture mondiale. Les données de Tara Oceans offrent des possibilités supplémentaires de relier les informations génotypiques aux informations phénotypiques en utilisant de grandes bases de données d'images qui contiennent une grande quantité d'informations morphologiques. Outre les ressources de Tara Oceans, les progrès récents de la paléogénomique permettent désormais de reconstituer d'anciennes communautés de plancton. Combinées à des reconstructions climatologiques, elles permettent de mettre en évidence des changements génétiques en corrélation avec les modifications de l'environnement.
Pour révéler les mécanismes d'adaptation des diatomées, les travaux se concentreront sur le genre Chaetoceros. Les génomes, épigénomes et transcriptomes de référence nouvellement disponibles seront d'abord caractérisés par la génomique fonctionnelle et comparative. Ils seront ensuite utilisés pour interroger les ensembles de données de Tara Oceans afin d'explorer la diversité et l'abondance mondiales, ainsi que la sensibilité des différents génotypes et de leurs profils d'expression génique aux conditions environnementales. Cela permettra d'évaluer la sélection naturelle en identifiant les gènes présentant de fortes tendances de sélection positive. L'étudiant calculera ensuite l'indice de fixation (Fst) couplé aux distances lagrangiennes pour dériver des métriques sur l'échange de populations entre des endroits discrets de l'océan mondial. Pour ce faire, l'étudiant utilisera une approche multilocus avec des marqueurs identifiés en comparant les génomes, les épigénomes et les variations d'expression des Chaetoceros. En l'absence de marqueurs forts, le doctorant recherchera des signatures de variations qui ne sont pas basées sur des gènes spécifiques. Pour ce faire, il utilisera une détection sans référence, par exemple DiscoSnp++++. L'ensemble des données d'images de microscopie confocale à haute résolution basées sur des images d'échantillons prélevés dans toutes les stations d'échantillonnage de Tara Oceans fournira une ressource supplémentaire pour évaluer l'hétérogénéité des populations de diatomées. Les mesures des différences génétiques et phénotypiques entre les populations fourniront des mesures de la connectivité biologique réalisée au sein de la métapopulation de diatomées et, en la comparant à la connectivité physique, des mesures de l'hétérogénéité des populations de diatomées.
En parallèle, l'étudiant examinera les données d'ADN anciennes provenant de carottes de sédiments de l'océan Austral qui couvrent la période de l'Holocène. Les mêmes méthodes décrites ci-dessus pour examiner les populations de diatomées dans l'espace seront utilisées pour étudier les changements dans le temps.
Afin de mener à bien ces missions, les activités attendues sont les suivantes :
• Analyse et interprétation biologique : l’étudiant aura la charge du traitement et de l’interprétation des jeux de données bio-informatiques issues des différentes expériences/campagnes, concernant notamment les génomes des diatomées et d’autres groupes de phytoplancton. Elle sera aussi également en charge de les mettre en perspective avec les résultats obtenus (i.e. physiologiques, environnementaux, …) lors des mêmes expériences/campagnes.
• Rédaction de publications scientifiques : l’étudiant aura la charge de produire les interprétations des résultats et de la rédaction des articles scientifiques ainsi que d’assurer leur publication dans des revues scientifiques.

Contexte de travail

L'équipe d'accueil PhytoGenomics propose un environnement de travail convivial dirigé par Chris Bowler (ibens.ens.fr). Elle comprend 2 étudiants en thèse, 4 post-docs, 2 enseignantes-chercheuses, 2 chercheurs CNRS et un ingénieure CNRS. Les travaux de l'équipe portent sur les mécanismes par lesquels l’environnement peut influencer la structure et les dynamiques des génomes. Le projet actuel est financé par la Fondation BNP Paribas.
L'Institut de biologie de l'École normale supérieure (IBENS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé dans le quartier latin au centre de Paris, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Cette unité mixte CNRS/Inserm/ENS comprend environ 320 agents, répartis-en 29 équipes de recherche et soutient l'emploi des minorités.

Contraintes et risques

Travail à l’écran