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H/F DOCTORANT

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Date Limite Candidature : vendredi 9 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR8120-VALLES-008
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 18 novembre 2022
Nom du responsable scientifique : MAUD TENAILLON
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La spéciation est un processus continu qui résulte de la divergence de lignées évolutives et de l'augmentation progressive des barrières reproductives. Lorsque cela est possible, l'hybridation entre lignées divergentes peut conduire à des innovations génétiques. L'étude de la correspondance entre la divergence génomique et le flux génétique a mis en évidence une "zone grise de spéciation", définie comme l'existence, chez deux espèces, de barrières incomplètes qui permettent encore le flux génétique. Cette situation d'espèces semi-isolées est rencontrée dans les systèmes sauvages/domestiques qui sont de bons modèles pour étudier les barrières reproductives à un stade très précoce de leur mise en place. Ces barrières se manifestent au niveau phénotypique dans la descendance des croisements : souvent, les hybrides issus de croisements entre formes ont une viabilité des graines, une survie et/ou une fertilité inférieures à celles des hybrides issus de croisements entre formes. Par conséquent, l'isolement reproductif semble être une composante importante du syndrome de domestication, et contribue au maintien de l'intégrité de la forme (cultivée vs sauvage).
Ce projet de thèse vise à caractériser l'étendue des barrières reproductives entre les formes sauvages et domestiques, et à étudier les processus évolutifs sous-jacents. Dans ce but, nous nous concentrons sur 14 systèmes sauvages/domestiques représentant un continuum de divergence pour entreprendre une approche comparative. Le projet de thèse comprend trois objectifs : (1) réaliser une méta-analyse pour comparer les espaces phénotypiques sauvages et domestiques ; (2) réaliser une évaluation quantitative des barrières reproductives dans les hybrides F1 issus de croisements sauvages x domestiques, et les relier aux histoires de domestication ; (3) étudier les liens entre l'isolement reproductif et les caractéristiques génomiques pour mettre en évidence les paramètres évolutifs qui déterminent l'intensité de l'isolement reproductif. Le projet de thèse est original à plusieurs égards : il propose de considérer l'isolement reproductif comme un trait de domestication ; il est basé sur une approche comparative sur 14 systèmes aux histoires de domestication contrastées (espèces pérennes et annuelles, avec des domestications récentes et anciennes comme le blé) ; il couple des approches expérimentales (croisements et phénotypage) et génomiques.

Contexte de travail

Outre les deux co-encadrants de la thèse (GAFL-Avignon, Resp. C. Dogimont et GQE-Le Moulon, Resp. M. Tenaillon), le projet sera mené en étroite interaction avec l'IRD Montpellier (Resp. Y. Vigouroux), et ECOBIO-Rennes (Resp. S. Glémin) dans le cadre du projet ANR DomIsol (2020-2026). Les quatre partenaires ont contribué à la production de données : échantillonnage pour les 14 systèmes ; phénotypage du syndrome de domestication disponible pour la plupart des systèmes ; croisements et phénotypage des F1 qui se poursuivront au cours de la thèse ; séquençage du génome entier des 14 systèmes végétaux. Des jeux de données SNP sont actuellement disponibles (S. Huyn, IRD) et un outil de modélisation pour identifier les barrières reproductives à partir des données génomiques est en cours de développement (E. Burban, PhD 2ème année, ECOBIO). Au GAFL (3 systèmes végétaux), le doctorant interagira avec les équipes de C. Dogimont, M. Causse, R. Stevens et, avec l'unité expérimentale d'Avignon (UE AHM). Il/elle contribuera aux expériences (mesures sur les hybrides) menées au GAFL et au GQE-Le Moulon (7 systèmes végétaux). Au GQE-Le Moulon, le doctorant sera intégré dans l'équipe GEvAD (Evolutionary Genomics and Adaptation of Domesticated Plants). Il/elle interagira étroitement avec H. Belcram, D. Manicacci, P. Gérard et K. Alix au sein de l'équipe GEvAD, et avec A. Cornille (équipe ECLECTIC).

Contraintes et risques

Pas de contraintes particulières ni de risques.

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