Description du sujet de thèse

L'objectif général du projet est de développer une théorie prédictive du rôle des interactions dynamiques spatialement étendues entre plusieurs activateurs, plusieurs facteurs de transcription et plusieurs promoteurs pour une régulation précise des gènes dans le développement eucaryote. Nous utiliserons des méthodes issues de la mécanique statistique théorique hors équilibre pour explorer les contraintes que la nature dynamique du processus de développement impose aux implémentations moléculaires des hubs transcriptionnels. Notre stratégie considère différentes propriétés de transcription (précision, vitesse de réponse) et nous allons optimiser les architectures de promoteurs pour fournir des solutions optimales. Nous allons explorer cette question à l'aide de stratégies évolutives. Nous étendrons le raisonnement à partir des contraintes physiques et de la géométrie pour tenir compte des contraintes évolutives. Étant donné que toutes les trajectoires évolutives ne sont pas toujours possibles, nous comparerons les contraintes que l'évolution impose aux architectures du promoteur en supposant une fonction de coût évolutif qui maximise i) la vitesse de lecture du promoteur ; ii) précision de la lecture. Nous comparerons à la fois les résultats des deux fonctions d'optimisation ainsi que les restrictions sur l'espace des trajectoires.

Contexte de travail

La thèse de doctorat sera réalisée dans une équipe de biophysique du Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure qui a établi une collaboration de longue date avec des groupes expérimentaux de généticiens de la mouche. Ils ont de l'expérience dans la modélisation statistique des systèmes biologiques et travaillent à la fois sur des problèmes purement théoriques et basés sur des données. L'équipe tient des réunions régulières. L'Ecole Normale Supérieure est située au centre de Paris et les recherches du laboratoire sont menées dans de nombreux domaines de la physique. Cela offre un environnement interactif et vivant.

Contraintes et risques

rien